这种情况并不奇怪！因为自从朱棣发动“靖难之变”，夺了侄儿建文帝朱允炆的皇位之后，因恐饶治不稳，遂将都城由南京迁到了北京。
从这以后，虽然明朝仍将南京做为留都对待，而且还保留了中央六部等一整套政府机关，当做备分。
然而在实际权力上，南京是难以和北京相比的！因此南京的政府机关与北京相比，只是徒有其表而已。并且在明朝中期以后，还成了朝廷安置遭受排挤官员的所在。
因此尽管明朝有南北两京，但是南京的存在感一直是比较低的！
这就是为什么北京被李自成攻破后，南京无法立即充分发挥出留都作用的原因之一。
此外在南明弘光政权执政之时，由于没有来得及做好内部整合，也没有及时制定出符合实际需要的政策，再有南明弘光政权君主昏庸，大臣之间又争权夺力，领兵大将之间又积不相能。所以才会浪费了重整旗鼓的大好机会，故而尽管南京在手，他们也无法充分加以利用！更别说让他们打过长江去，恢复大中原了！
况且清军也没有给南明留下加以整合的时间，在1644年打破李自成夺取北京之后，清军立即分兵扫荡大顺、大西这两个北方政权，同时又兵贵神速的向弘光政权发动了攻击！
随着史可法战死扬州，弘光政权的防御被粉碎了，南京城也暴露在清军的兵锋之下！最后南京城被清军破，弘光政权随之也就垮台了！而在此之后，就再也没有一支南明抗清力量，可以重新夺回南京城了！
综上所述:除了明初二帝在南京有所作为，之后随着明成祖迁都北京，南京便被边缘化了！而到了南明弘光政权占据南京之时，本应有所作为，但却没有作为！所以当南京在他们手上丟失之后，就再也无法发挥其留都的作用了。
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