孟加拉和印度关系总体上算平稳，但是，近几年，矛盾也开始激化。主要问题包括边境争议、恒河水分配、非法移民、越界和走私等问题。
孟加拉和印度的主要矛盾是两国之间存在的大量的“飞地”，根据维基百科，许多飞地中还包含了另一个飞地（二级飞地），甚至二级飞地中还有另一个飞地（三级飞地）；印度境内有71个孟加拉国飞地（28个一级飞地），而孟加拉境内则有102个飞地（96个一级飞地）；目前居住在飞地的总人口约为50,000至100,000人。
围绕这飞地，两国曾发生过冲突。
2001年4月15日，印边防部队在印孟边界地区筑路，遭孟边防部队反对，双方发生武装冲突。16日，孟边防部队占领印梅加拉亚邦一块飞地，包围印哨所。18日，冲突升级，多处发生激战。随后，经过对话，双方就恢复边界和平，保持最大限度克制达成协议。
直到2015年6月6日，时任印度总理的纳伦德拉·莫迪前往孟加拉首都达卡与孟加拉国总理谢赫·哈西娜共同签署了一份领土互换协议，这才标志着两国之间长达68年的边境飞地问题宣告结束，而协议使印度合共失去40平方公里的领土。
不过，相比与巴基斯坦的关系，印、孟关系确实算很平稳。这有几个方面的原因。
第一，印度和孟加拉没有历史负担。1947年印巴分治后，导致的宗教冲突，这是两国关系史上难以缝合的伤口，这主要发生在旁遮普地区，离当时的东巴基斯坦（也就是后来的孟加拉）比较远。
第二，印度和巴基斯坦至今没有解决的问题是克什米尔的归属。在过去70年，该地区冲突频发，而且看不到解决的前景。
第三，1971的印巴战争，也被称为孟加拉解放战争，对阵的双方是西巴基斯坦（如今的巴基斯坦）和印度、东巴基斯坦（也就是孟加拉）。如果没有印度的支持，孟加拉很难独立，或这，独立要推后很多年。
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