吕不韦与嬴政的关系，可以从不同角度进行分析。从文学艺术角度，对他们的关系可以依据人物性格和事件的演进，进行艺术化、戏剧化的处理，如今年春节期间播放的电视剧《秦始皇》，当嬴政大声问吕不韦：“你究竟是不是我的父亲？”吕不韦沉思片刻，以更大的声音回答：“你要是想当皇帝，就不要问这件事！”这样处理，符合二人微妙的关系，为了秦国大业，请不要问这件事！其实他们的关系已心照不宣，只差最后点破了。这种艺术性的处理更有感染力。
从历史学角度分析吕不韦和嬴政的关系，就应以史料为基础，不能凭空下结论。我们说吕不韦和嬴政的关系确有微妙之处。最重要的材料是《史记》记载的邯郸献姬的故事。之所以说这个故事有较大的可信度，因为它符合作为商人的吕不韦的性格。在进行政治投机时，为确保成功而孤注一掷。俗话说，“舍不得孩子套不了狼”。商人投资就是为了更大的回报，用吕不韦的话说是要“赢利”，事实证明，邯郸献姬是成功了。吕不韦是一大赢家，这件事对他的政治投机成功增加了保险系数。
估计异人最初蒙在鼓里，后来会不会发现自己受骗了？因为嬴政的长相和自己没有一点相像之处，他很可能察觉到了，内心难受至极，但是打死也不能说，在重血统关系的王室，这种事传出去，自己太子的地位肯定泡汤。
说吕不韦和嬴政的关系微妙，除了邯郸献姬这一重要证据外，还有“仲父之谜”。公元前247年，登基仅三年的秦庄襄王（异人）死，时年35岁。庄襄王死后，13岁的嬴政即位（即后来的秦始皇）。由于嬴政年龄小，吕不韦主持朝政。有意思的是，这时吕不韦不仅任丞相，还有一个称号叫“仲父”。
仲父这个称号究竟是谁开始叫的目前还不清楚。“仲父”既不是官名，也不是爵名，而是叔父之称，是颇具亲情色彩的称呼。最早称仲父的是春秋时期的管仲，他帮助齐桓公改革，使齐国最早称霸，成为强国。齐桓公非常尊敬、信任管仲，把齐国朝政交给管仲，尊称管仲为“仲父”。吕不韦称仲父，一是表示他与嬴政的关系不同寻常；二是表示自己也要像管仲一样处理朝政，嬴政不要干涉。
还有一个材料也能证明吕不韦和嬴政的关系微妙。公元前238年，22岁的嬴政到雍城举行加冕大典，从此亲政。就在加冕仪式结束不久，传来了嫪毐在咸阳叛乱的消息。嬴政果断出兵，很快平定了这次叛乱。后来查明，嫪毐是吕不韦推荐入宫，是个假宦官，和太后不清不白，竟生了两个孩子。而吕不韦身为丞相，引进嫪毐，并对嫪毐叛乱不旗帜鲜明地履行职责，属于严重的失职渎职。按照秦国法律，有如此重大过失的大臣，必死无疑。可是嬴政却犯了难。《史记·吕不韦列传》：“王欲诛相国，为其奉先王功大，及宾客辩士为游说者众，王不忍治法。”这意思是说，秦王心里很矛盾，本来想杀掉吕不韦，但考虑到他侍奉先王功劳极大，又有许多宾客辩士为他求情说好话，秦王不忍心将他绳之以法。这也证明他和吕不韦确有相当多的感情色彩。究竟应该怎么办呢？想来想去，一个月后，终下决心，“免除吕不韦相国职务”。应该说，这是嬴政实在没有办法的决定，如果不是二人之间有极其微妙的关系，按嬴政的性格，绝对不会放过吕不韦。吕不韦虽被免去相国之职，但仍为文信侯，食河南十万户租税——依旧是秦国第一富人。
吕不韦究竟和秦始皇是什么关系，还用怀疑吗？
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