明崇祯十六年正月，李自成改襄阳为襄京，自号“奉天倡义文武大元帅”，并委派官员治理地方，农民起义军的性质从流寇向政权过渡。
其时，大江南北的农民起义军部队，除张献忠部外，都已经服从李自成的领导，“群贼俱奉其号令”，至少名义上都是如此。
这时的李自成已经有了跟明朝争夺整个天下的野心，他急需整合所有的农民起义军部队为其所用，整合所有力量跟明朝决战。
因此，李自成要的不仅仅是各支农民起义军在名义上的服从，他想要的是绝对的服从，李自成之下，不允许有第二个声音。
但农民起义军成分复杂，并不都愿意真正臣服于李自成，其中，就包括明面上跟李自成平起平坐的“代天抚民德威大将军”罗汝才及其所属部队。
为此，李自成也下了狠心，对坚决不愿意臣服的农民起义军领导人及其部队，采取了最极端的做法。
《明史纪事本末·李自成之乱》中记载：
崇祯十六年……三月……李自成袭杀革里眼、左金王，并其众……夏四月，李自成杀罗汝才，并其众……五月……李自成攻袁时中杀之，并其众。
至此，稍有影响力的各支农民起义军，除“八大王”张献忠和“老回回”马守应所部外，其余的基本都被李自成一网打尽。
张献忠跟李自成一直是谁也不服谁，他还一度想干掉李自成，所以，当李自成号召天下农民起义军共聚旗下时，张献忠来都不来。
而马守应所部，在李自成于襄阳建立政权时，却名义上是服从于李自成的，接受李自成的指令攻城略地，“ 回 ( 马守应 ) 、革、左以下, 咸受节度。”
但李自成对马守应也不放心，也希望彻底掌控马守应的部队。
原因是，马守应在农民起义军中的威望太高，他是明末农民起义最早期的领导人之一，其独掌一支部队时，李自成还只是高迎祥麾下一“闯将”。
而且，根据《明季北略》中的记载，马守应还很可能是张献忠参加农民起义大业的领路人：
(张献忠)闻老回回马守应等起兵，遂往投军，守应一见奇之。初为小卒，号为黄虎。
从个人在农民起义军中的资历来说，马守应还略微超过罗汝才，更是远超李自成、张献忠。
并且，马守应所辖的部队，其实力在各支农民起义军部队中，也是相当的强劲，在崇祯十六年时，仅次于李自成和张献忠所部。
这样的一个人和他所属的部队，即使表明臣服，李自成也不会真的放心，除非交出部队指挥权。
但李自成对于直接跟马守应翻脸也有顾虑，马守应对李自成是有恩的。《明史纪事本末·李自成之乱》中记载：
十一年二月，李自成陷泸溪，陕寇尽聚川西，总督洪承畴檄川中诸道兵严守要害，贼因乏食。承畴以川师诱之，陕兵设伏于梓潼……几歼之。自成率残众数千走溪南，孑身入楚，依张献忠，不许。至竹溪，献忠谋杀之，自成独乘骡，日行六百里走商、雒，至淅川老回回营，卧疾半年余。老回回授以数百人，仍出剽掠。
从上述记载看，李自成于崇祯十一年败给洪承畴后，几乎处于绝境，投张献忠差点被杀，孤身来找马守应，才得到喘息之机。
这种恩情，让李自成对于处理马守应的问题慎之又慎。
好在，当李自成兼并各支不愿意臣服的农民起义军时，马守应没有跟李自成和军一处，人也不在襄阳，即使李自成想下狠手，也没法动手。
马守应也在李自成兼并各支农民起义军时，看出了危机。
他在自己的部分家眷依旧在襄阳李自成手中的情况下，坚决拒绝了李自成想把他调回襄阳的命令，“在澧州，闻汝才、一龙(革里眼)死，惧甚，屡征不至。”
马守应的坚决，让他的部队逃过了被李自成兼并的下场，也避免了自己有可能被李自成杀害的结局。
马守应不去襄阳，李自成就没撤了，他不可能公开去攻打对自己有莫大恩惠的马守应，又面临战略重心是在对抗明朝一边，只能继续拉拢。
为此，李自成在自己直属的军政体系之外，单独授予马守应“永辅营英武将军”一职，并赐予其用黄金铸成的重达四十八两的金印一颗，承认马守应所部的半自主地位。
李自成这么做的目的是，在自己的战略重心是打倒明朝时，避免马守应倒向张献忠，跟张部合流在自己的后方捣乱。
张献忠也时刻盯着李自成这边，在马守应担心被李自成兼并时，出手拉拢过马守应，《明史纪事本末·张献忠之乱》中记载：
崇祯十六年……献忠遣人通好于老回回。时老回回为李自成据荆州，献忠与修旧好合兵。
最终，马守应虽然没有彻底倒向张献忠，却让自己的部队靠近张献忠所部，跟张献忠部联合作战，立场不言而喻。
崇祯十七年，当李自成率部打到明朝国都城下时，马守应病逝，有记载说他是死在夷陵，如果为真，他应该是准备跟着张献忠入川的。
马守应死后，他的部队大部分投了张献忠，跟随张献忠入川，少部分在湖广地区坚守，后来在当地坚持抗清斗争。
当李自成兵败山海关，被清军一路追杀，后从陕西逃向湖广，并在湖广被杀时，在川中的张献忠部，及在湖广的马守应旧部，都没有对李自成给予帮助。
这也算是李自成当初用强硬手段兼并各支农民起义军落下的后遗症。
