历史上当雍正把年羹尧的孩子调往京城之后，年羹尧也逐渐正视他们之间的关系。后来在雍正朝，年羹尧之所以再次受到重用，是因为他为雍正登基时做了两件重要事情，一方面帮助雍正清除十四阿哥胤禵，另一方面是平定了边疆叛乱。
在夺嫡斗争中，三阿哥胤祉揭发大阿哥搞巫术加害二阿哥胤礽，结果两败俱伤，大阿哥，二阿哥，三阿哥都退出了夺嫡斗争。八阿哥胤禩不但结党营私，而且还勾结胤禔，导致康熙也将他关押。
当政治势力逐渐清晰之后，拥有势力最强的八阿哥胤禩支持十四阿哥胤禵，因为他们是同母的兄弟。此时只有十三阿哥支持雍正，而且十四阿哥胤禵战功卓越，收复了西藏等地，很多人也认为十四阿哥胤禵会继承皇位，最为明显的是在1721年，康熙即将驾崩的前一年，胤禵凯旋回师的时候，康熙给胤禵办了一个隆重的迎接礼。但是历史吊诡的是，在康熙病重期间，却又把十四阿哥胤禵调往前线。
在十四阿哥胤禵看来，这是康熙皇帝继续让他积累战功，为登上皇位积蓄力量。但是我们也不得不怀疑，这是康熙有意支走胤禵，为雍正登基扫清道路。于是在胤禵还在外征战的时候，公元1722年11月13日，康熙帝驾崩了，雍正继承皇位，在雍正登基的第二天，他就下令胤禵交出兵权，回京复命。
为什么雍正有这个底气敢让胤禵交出兵权?手握重兵的胤禵完全可以起兵造反，历史上李世明就因为手握重兵，在玄武门之变的时候，手刃自己的哥哥登上了皇位。胤禵当时拥兵24万，是当时清朝兵马的一半，而且在与准噶尔部战斗中，获得了大量俄罗斯火器，并且都是久经沙场老兵。
此时关键人物就是年羹尧，他此时是川陕总督，虽然胤禵为三军统帅，但是在收复西藏的过程中，主要还是年羹尧轻率部队作战，没有年羹尧的支持，这支部队根本就不会随胤禵一起造反。而此雍正已经获得了年羹尧的支持，所以纵然胤禵有一万个不愿意，也只能乖乖就范。
雍正登基第一年十月，青海发生罗卜藏丹津叛乱，西北边疆战火又起，此时雍正让年羹尧总揽西北一切事物。“若有调遣军兵、动用粮饷之处，著边防办饷大臣及川陕、云南督抚提镇等，俱照年羹尧办理。”年羹尧是雍正在西北的代理人，整个平定虽然只持续了6个月的时间，但是年羹尧在整场平定中，数次身犯险境，并深入沙漠击溃叛军主力。
此次平定不仅仅稳定了边疆，也稳固了雍正的帝位。新登基的皇帝都需要用军功建立自己的威信，比如朱棣当年登基后，数次对蒙古用兵，其目的就是打消朝臣对他篡位的质疑。此时朝臣还质疑雍正从十四阿哥胤禵手里夺取皇位的合法性，而这次拓展边疆可以说帮了雍正一个大忙。
此时的年羹尧可谓风光无限，加封一等公，赏赐子爵，父亲年遐龄也被册封为一等公，加封太傅。而且雍正还给年羹尧一项特殊权利，“传达旨意，书写上谕”，也就是说能够全权代理雍正。
但是此时年羹尧却还和当年夺嫡死对头九阿哥胤禟走得很近，在镇守甘肃的时候，年羹尧不但没有能够对胤禟进行“严加看管”，而且还有意瞒报。这让雍正对年羹尧有了戒心，边疆大臣与亲王和睦这是犯了帝王忌讳，如果两人串谋，有谋反的可能。
此时雍正也慢慢释放年羹尧手中的兵权，让他回京任职。但是此时的年羹尧却有些膨胀了，他命令直隶总督李维钧、陕西巡抚范时捷等人在他回京路上向他跪拜，面见雍正的时候，态度也十分傲慢，甚至还向雍正邀功。
于是雍正皇帝开始想办法扳倒年羹尧，对于这样一个功高的两朝老臣，雍正也是比较忌惮的，不可能无缘无故地免他的职。而且年羹尧还控制着四省的军政，尤其西北地区，根基深厚，贸然动他，风险非常高。雍正秘密让人搜集年羹尧犯罪证据，另外逐渐孤立年羹尧，试探各朝廷重臣与年羹尧的关系。
而下面群臣也明白雍正皇帝的意思，当年与年羹尧有关系的大臣，比如被年羹尧举荐的直隶总督李维钧，年羹尧的世亲安徽巡抚李成龙等，都自觉站到年羹尧的对立面。当雍正开始公开批评年羹尧的时候，这些大臣纷纷上书，弹劾年羹尧。面对这场突如其来的批判，手足无措的年羹尧只能认罪伏法。此时的雍正看上去原谅了年羹尧，实际上这是为了铲除年羹尧势力蓄力。
雍正提拔西南将领岳钟琪，让他接替年羹尧西南军务，同时免去了年羹尧抚远大将军和川陕总督的职务，调任为杭州将军，让他远离西南根据地。等一切就绪，便用囚车把年羹尧押解回京，等候审判定罪，在群臣一片声讨当中，年羹尧被判为逆反的罪名，如果这92条罪名成立，年羹尧被诛杀十族都有可能，最终年羹尧在狱中自尽。
雍正与年羹尧的关系，其实是早年雍正不得不依仗年羹尧，当年羹尧势力大到足够威胁雍正的时候，雍正与年羹尧的蜜月期也就到期了，年羹尧的死并不是失宠，从始至终，年羹尧都是雍正的工具。
