1556年，经举荐补太医院之阙，李时珍在京师供职了一年后辞官。回家后他在雨湖北岸构筑新居，题名“红花园”，并在此行医。在这个过程李时珍发现古代的本草书籍，“品数既烦，名称多杂。或一物析为二三，或二物混为一品”（见《明外史本传》）。特别是许多毒性药品，竟被认为可以“久服延年”，遗祸无穷。李时珍多次上书朝廷要求重整医书资料，可惜并无回音，于是他便利用在良医所和太医院阅读大量医籍和坚实的文史基础，整理历代的药物学著作。这就是后来的《本草纲目》了。全书是在明代万历六年（1578年）定稿，万历二十三年（1596年）在南京正式刊行，从完稿至刻印经历了十多年时间。期间李时珍到过蕲州、黄州和武昌，都没有书商愿意承印。1579年，他前去南京六部寻求出版，但未获成功。一直到1590年，在获得南京藏书家兼出版商胡承龙的赞助，得以刻印。然而，李时珍未及三年便卒于家，未能看到自己的著作问世。
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