《本草纲目》的分类是先无机物而后有机物，先植物而后动物。在植物类药物中，则先草、谷、菜而后果、木；在动物类药物中，则先虫、鳞、介而后禽、兽，最后则叙述人类药物。该书首先是对矿物药之科学分类，这在无机化学方面也已具备一定的水平。李氏记述的每一物质，均评论其来源、鉴别其化学性质。该书以单体元素为纲，对各化合物做了比较全面的论述和分类，大体上对前代所存在的混乱做了澄清。
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