坎坷的仕途
到了建文年间的时候，黄福依旧遭到了建文皇帝朱允炆的器重，而他也在尽心尽力地为朝廷做事。也正因为如此，在朱棣入主南京当上永乐皇帝之后，所罗列出来的二十九个奸党名单中，就有黄福的大名。
虽然黄福在第一时间就选择抛弃朱允炆，过于迎附朱棣，但依旧被曹国公李景隆指责为奸党，对此黄福是这样为自己辩驳的，他说：;臣固应死，但如果被冠以奸党这样的罪名而死，则我是不能就此感到服气的。”
朱棣当时选择将这个问题置之不问，不久后便将其官复原职，再过不久又将其提拔为工部尚书。
到了永乐三年时，都御史陈瑛弹劾黄福这个当工部尚书的，一点都不体恤工匠的死活，朱棣只好将其改任为北京行部尚书，第二年的时候因为犯了事情而被逮捕下狱，随后贬谪为一个小小的事官。
呵护安南人民
到了永乐四年的时候，朱棣决意对安南大规模用兵，便下令将黄福官复原职，让他去负责督运前往军士所需要的粮饷。
经过一番苦战之后，明军成功平定了安南，郡县其地，设立交趾布政司，并让黄福以尚书衔兼任交趾承宣布政使司布政使、提刑按察使司按察使等。
黄福在安南，面对这块刚刚平定的土地，其所需要处理的政务可是十分繁重的，而且还有时不时地小规模战争爆发。黄福不拘于死理，随事制宜，将当地治理得井井有条。还上书请求朝廷重新厘定交阯这边所需要缴纳的赋税，而且尽量要将赋税定得轻一点，得到了朝廷的同意。
还有，黄福在交阯大肆兴办学校，将一些大量中原礼仪和书籍文化都输送给当地老百姓。当时满朝文武都会存在着一些官员，因为一些细小的错误，而被贬谪到交阯来，黄福都对这些人给予充足的礼遇，并从中挑选出一些比较贤能的人，去与之共事，所以这些便贬谪到交趾的人，不少都感觉如同回到自己的家乡一般。
在交阯负责镇守，有一个叫作马骐的中官经常存在着虐待当地民众的行为，黄福多次进行阻止，但也因此开罪了马骐。有一次，马骐向朝廷诬告黄福拥有异志，朱棣觉察到其中肯定是假的，便没有过问此事。
等到仁宗皇帝朱高炽继位的时候，将黄福给征召回来，同时委任他去辅佐太子朱瞻基。黄福在交阯前后待了有十九年，等到他走的那一刻，很多交人的老百姓扶老携幼十分不舍得过来送行。
安南反叛，黄福无力回天
黄福走好不久，一些明朝官员过于欺压当地百姓，便直接造反了，明军迟迟不能够将其肃清。当时宣宗皇帝朱瞻基刚刚继位不久，顶替黄福去管理交趾地区的兵部尚书陈洽屡次上书朝廷，要求赶紧把黄福叫过去安抚一下交趾的老百姓。
朝廷照做了，让黄福以工部尚书的身份前去交阯安抚一下当地暴动的老百姓。
然而，黄福前脚才刚刚到达，便传来了明军主将柳升战败而死的消息，黄福觉得大势已去，便赶紧准备开溜，结果在鸡陵关，被敌军所擒获。
敌军并没有选择伤害黄福，而是跪下哭泣道：;你是交民的父母官，如果你在这里当官的话，我们也不至于直接选择反抗。”
敌军的首领黎利在听到这一消息之后，也感慨地表示，;如果中国遣官吏治交阯，能够人人都像黄尚书呵护交民，我怎么可能会带领交民造反呢?”
随后，黎利便派人将黄福护送回明朝，并赠送了大量的白金等礼品，黄福回去后便将这些所得之物全部送回去。后来，宣宗皇帝朱瞻基经过一番认真讨论，权衡利弊之后，最终还是放弃对于安南的继续征讨，允许其独立。至于黄福则在朝中一直当官到正统五年正月，享年七十八岁。
