朵颜三卫主要指东部蒙古，靖难之后曾与明廷有过蜜月期
元亡，漠北蒙古族分为三部：居于西辽河、老哈河一带者，为兀良哈部;居于鄂嫩河、克鲁伦河一带及贝加尔湖以南地区者，为鞑靼部;居于科布多河、额尔齐斯河流域及准噶尔盆地者，为瓦剌部。因地理位置居东，因此一般也称东部蒙古，在这片广袤的草原上，曾生存着兀良哈部、翁牛特部、乌齐叶特部和札剌亦儿部等蒙古部落。
明朝洪武年间，为了彻底消除北方残余的北元势力，朱元璋曾发动了多次北伐。洪武二十年(1387年)，冯胜、傅友德和蓝玉等率领二十万大军绕道庆州，包围了纳哈楚军队驻地，并迫使其投降。这使得大兴安岭以东的蒙古各部失去了屏障，其驻地直接暴露在了大明的打击范围之内。
洪武二十一年(1388年)，蒙古大汗脱古思帖木儿又在捕鱼儿海大败，这不仅使他失去了对蒙古诸部的影响和统治，更使得大兴安岭以东的蒙古诸部处于了孤立无援的境地。这些部落在没有实力与大明对抗的情况下，只能选择臣服。次年，兀良哈部的原元辽王、惠宁王、朵颜元帅府相继请求内附，明太祖遂于其地设置泰宁、朵颜、福余三卫指挥使司，隶属于大宁都司，并册封儿子朱权为宁王，统领诸卫。
然而，朵颜三卫不久后再度反叛，重新归附北元新汗。于是在洪武二十四年(1391年)四月，明朝又派遣傅友德、郭英率军讨伐辽王阿扎失里于挑儿河一带，朵颜三卫与明朝的关系就此再度中断。直到建文元年(1399年)，燕王朱棣起兵靖难，朱棣在获取了宁王朱权支持之后，部分朵颜三卫随大宁军队一同被收编，并在之后的战争中立下赫赫战功。
朱棣在南京称帝之后，感念于朵颜三卫立下的战功，曾多次派人去招抚朵颜三卫，并;命脱儿火察(即脱鲁忽察儿)为左军都督佥事，哈儿(兀)歹为都指挥同知，掌朵颜卫事;安出及土不申俱为都指挥佥事，掌福余卫事;忽剌班胡为都指挥佥事，掌泰宁卫事;余及所举未至者总三百五十七人，各授指挥、千、百户等官，赐诰印冠带及白金、钞币、袭衣”。
因此，在永乐初年，朵颜三卫倒也与明朝度过了一段蜜月期。不过，当时的朵颜三卫中以以泰宁卫最强大，其次福余卫，朵颜卫最弱，但朱棣的册封却以朵颜卫为首，这其中的用意可想而知，而朵颜卫在明朝的支持下则迅速崛起，逐渐吞并其他两卫，故而将这三位合称;朵颜三卫”，又因朵颜卫主要以兀良哈部为主，因此也称;兀良哈三卫”。
因南下争夺大宁牧区，朵颜三卫开始时常南下侵扰
永乐年间，随着朱棣于辽东设立奴儿干都司和迁都北平，为了确保辽东和京师的安全，明成祖视朵颜三卫为外藩，;居则侦探，警则捍卫，发给牛具、种、布帛、酒食良厚”。而且一旦朵颜三卫地区遭遇灾荒，明成祖往往命官署视马匹优劣，倍价易米。
然而，随着蒙古鞑靼部的迅速崛起，朵颜三卫时常受其侵扰，慑其兵威，朵颜三卫遂秘密依附鞑靼，并开始不断借卖马入明边境侦探虚实。虽然朱棣曾下诏责问，但朵颜三卫部分部落却和鞑靼太师阿鲁台结为儿女亲家，开始明目张胆的反叛明朝。
从永乐八年(1410年)开始，朱棣先后五次亲征漠北，其中第一次出征时便发现有部分兀良哈人加入鞑靼军，因而曾于次年遣使谴责，但却收效甚微，眼见兀良哈三卫不知悔改，永乐二十年(1422年)七月，明成祖再度北伐回军途中，率军深入屈裂儿河流域，对不断支持阿鲁台的兀良哈三卫发动进攻，于屈烈河大败兀良哈部军，兀良哈遭此重创，部众纷纷降明。
到了仁宣年间，鉴于永乐年间连年出兵导致国力损耗，仁、宣二宗开始着手明朝的内治，明朝对蒙古开始由战略进攻转入战略防御，主要通过外交和经济手段维系着与蒙古各部的朝贡关系，而蒙古方面瓦剌虽然已经崛起，但却忙着征服草原，因此双方总算相安无事。然而，明宣宗年间的这种战略收缩，尤其是内迁奴儿干，却为之后的;土木堡之变”和河套之患埋下了伏笔。
为了获得大宁地区的驻牧权，早在永乐年间朵颜三卫便已经经常与鞑靼部联合犯边，鞑靼和瓦剌争夺草原事败后，鞑靼太师阿鲁台逃入兀良哈部，在他的挑唆之下，朵颜三卫开始屡屡于永平、山海关之间大肆掳掠。而随着明朝的战略收缩，朵颜三卫从宣德五年(1430年)开始正式南迁，最终于正统初年驻牧于明蓟辽边外的潇河、老哈河一带，并活跃于整个漠南地区。
因此，从正统年间开始，朵颜三卫便屡屡犯明辽东、大同、延安境，甚至和瓦剌部联合南下侵犯，但却多次被明朝边将击败，例如独石口守将杨洪生擒兀良哈首领朵栾帖木儿，又如正统九年(1444年)明英宗征调大军追剿扰边的兀良哈三卫兵，捕获扰边者甚众，夺回被其掳掠的人畜。
正统之后朵颜三卫时叛时附，后金崛起后终被吞并
其实在正统初年，面对北方蒙古的屡屡南下，明朝实际上还具备一定的打击能力，甚至是出塞追剿的能力，然而自;土木堡之变”后，随着武将、功勋集团出现断层，以及文官集团的崛起，明朝的对外策略愈加保守，最终从战略防御开始转入被动防御，而朵颜三卫与明朝的关系也就此日益紧张。
当时，瓦剌崛起于蒙古草原，朵颜三卫不得不依附于瓦剌也先，但却被也先所利用，在朵颜三卫被明军击败的同时，瓦剌又从背后接连进攻，朵颜三卫一度陷入极为困难的境地。无力反抗瓦剌侵扰的他们，只能被迫臣服;虽依旧每年向明廷朝贡，以此换取明帝的赏赐;却又因时常遭到明朝边将剿杀，而时刻寻机报复。
瓦剌为了彻底征服蒙古大草原，对朵颜三卫逼迫日急，三卫不堪忍受瓦剌肆虐，遂向明朝秘密提供瓦剌请阿伯，并请求屯驻于靠近明朝边境处，但在被明代宗拒绝后便又投向了已经衰弱的鞑靼部，与其首领孛来暗中交往，双方关系日益密切。直到北京保卫战之后，随着也先的去世，瓦剌部迅速分崩离析，鞑靼部重新崛起，朵颜三卫的日子才算好过了一些。
从成化年间开始，朵颜三卫开始依附于鞑靼部多次入关劫掠，虽数遭明守将击之，仍侵扰不已。然而，南下侵扰的同时，却又往往因天灾饥困，请求明廷恢复马市，以易粮食等物品。明朝虽始终未与朵颜三卫中断联系，却也常常因其南下侵扰而以中断交易为惩戒。双方在这种打打停停的过程中，关系开始日益疏远。
明朝中晚期，朵颜卫分布广阔，东自大碱场，北至西拉木伦河，西迄延庆州四海冶南达，宽城;福余、泰宁两卫的居地东达辽河中下游，最南端可至海城一带，东北一部分到松花江流域，西南至小兴州与朵颜卫一些部落参错居住。
达延汗统一蒙古之后，建左右两翼六个万户，兀良哈部与察哈尔部、喀尔喀部隶属于左翼蒙古。而随着后金的崛起，在皇太极向东部蒙古的不断渗透之中，三卫先后服属于清朝，而当皇太极最终击败库图克图汗，其子额哲奉传国玉玺出降，蒙古汗位至此彻底断绝，曾经令全世界震颤的蒙古帝国彻底灭亡，之后的蒙古各部开始隶属于清朝统治。
