然而明初时，太祖朱元璋是极力禁止宦官干政的，还曾制作一块铁牌挂在宫门前，上写;内臣不得干预政事，预者斩”。太监作为一种政治势力登上历史舞台，要归功于明成祖朱棣。
朱元璋在位时，立长子朱标为太子，朱标英年早逝，又立朱标的儿子朱允炆为皇太孙，朱元璋去世后把皇位传给了朱允炆，再后来，朱棣以;清君侧”为名发动;靖难之役”，夺得帝位。
朱棣从北京起兵攻打南京时，几乎所有皇廷内的情报以及军事情报，都来源于太监，因为太监是离皇权最近的人。因此，称帝后朱棣设置了东厂这一特务机构，专门用以刺探各路情报，大到朝廷大员的一举一动，小到京城内的八卦消息。
有统计数据显示，明朝宦官最多的时候人数高达十万。而明朝宦官的机构，共有二十四衙门，即司礼等十二监，惜薪等四司，兵仗等八局;另有内府供用诸库，甲字等十库，御酒、御药等房，盔甲、安民等厂，提督东、西厂，京营。
二十四衙门的太监还常被派充任外地守备、织造、镇守、市舶、监督仓场、诸陵神宫监，以及监军、采办、粮税、矿税、关隘等使。
最初明太祖设立司礼监的时候，二十四衙门的地位并不高。
随后，宦官的机构膨胀，并逐渐完备起来。司礼监的最高长官是掌印太监，只有一人。下设秉笔太监几人，专管批红。秉笔太监中有一名负责管理东厂，称;提督太监”，位居其他秉笔太监之上，称为次辅。司礼监下设文书房，由掌房十员组成。有了;批红”，就等于是掌握了皇权，到了明末，整个士大夫集团被宦官集团吃定。
《明史·刑法志》上说：;廷杖、东西厂、锦衣卫、镇抚司狱是已。是数者，杀人至惨，而不丽于法。”
所谓东厂，由于设在东安门外故名之。这个在明成祖永乐十八年(1420年)组建的以宦官为主体的缉捕机构，由司礼监主管，首领由秉笔太监兼任，他们负有监视锦衣卫的秘密使命。锦衣卫则是1382年成立的，下设南、北两个镇抚司，对皇帝负责，不受司法干预。最初只有5000余人，到嘉靖时却已膨胀到6万多人。皇帝不放心，才设立了东厂。
然而其后的发展却是，宦官集团为了控制锦衣卫，将锦衣卫中的高级官员都变成了宦官亲信，而宦官掌握的东厂所用的小特务都是从锦衣卫中挑选出来的。据史书记载，廷杖通常是由司礼监太监监督执行，锦衣卫行刑。行刑锦衣卫视司礼监太监的站立姿势来决定行刑的轻重，如果司礼监太监两只靴尖朝外成八字形，则行刑用力轻;如果两只靴尖向内对齐，那么下手就重，受刑之人难逃一死。
清代史学家赵翼曾言：明中叶后大臣上朝前;必与妻子诀，及暮无事，则相庆以为又活一日”。
西厂则属于临时机构，是1477年由大太监汪直在明宪宗的支持下成立的，和东厂大致相同，逮捕起人来都是先捕后奏，并专门向朝廷高官开刀，制造了无数冤假错案。1481年，汪直被贬，西厂随之被裁撤。
厂卫制度慢慢就成了宦官滥施司法、实行特务统治，进而攫取国家权力的工具。他们审讯、用刑，甚至杀害犯人，都不需要任何手续。著名的东林党人杨涟、左光斗等都是被厂卫机构特务逮捕，然后在狱中折磨致死的。
明代刑制规定，死罪重犯名义上必须经过皇帝的亲自审讯，程序上必须由三法司会审，最后报经皇帝批准。但是实际上，重案由宦官与三法司共同审理。最终的裁决权，皇帝也给了司礼监太监。因此，明代的最高司法审判权实际上完全被宦官集团掌握。
明代宦官为祸之烈虽比不上东汉末年和晚唐时期，也不像汉唐那样，连皇帝的废立生死都能掌控。但是，明代的宦官用事最久，握有的权力极大，在中国宦官史上实属罕见。
明代自永乐朝起，宦官逐渐得势，一直到明思宗缢死煤山，两百多年来，宦官都活跃在明代的朝堂之上，上演了一幕幕荒诞剧。因此，史学家们称明朝为;中国历史上最大的太监帝国”。
