嘉庆时，他们与当地维吾尔族官员狼狈为奸，坏事干尽：随意增加赋税，残酷压榨百姓，敲诈勒索老百姓。当地老百姓对此都怨声载道，反抗事件不断发生。
另一方面，大小和卓叛乱被平定之后，大和卓波罗尼都之子萨木萨克逃到浩罕（新疆西浩罕国，今乌兹别克斯坦东部）。萨木萨克的第二子张格尔野心勃勃，时刻梦想在南疆恢复和卓家族的统治。
张格尔画像
18世纪初，游牧部落乌孜别克族明格部在费尔干纳盆地建立汗国，定都浩罕城。加上英国早有侵略中国的野心，他们便联合起来，支持张格尔。
从嘉庆二十五年（1820年）到道光八年（1828年），在浩罕封建统治者与英国殖民者的怂恿支持下，张格尔企图恢复和卓家族曾经在南疆的统治，利用南疆民众对当地政府残暴压迫的不满情绪，三次潜入南疆发动叛乱。
清朝平定新疆后，在新疆设置伊犁将军，将军之下设置参赞大臣。
嘉庆二十五年（1820年），张格尔利用南疆维吾尔族民众对清参赞大臣静斌残暴压迫的不满情绪，在这一年的八月率数百人悄悄进入南疆，煽动当地民众叛乱。清领队大臣色普徵额率兵进击，将其全歼，张格尔仅率残部二三十人逃往浩罕。张格尔第一次叛乱就这样失败了。
嘉庆帝画像
他逃回浩罕后，得到英国殖民者的大力支持，英国人帮助他训练军队，给他提供武器装备，为再次入侵南疆做准备。道光四年到五年（1824-1825年）之间，张格尔组织一小股军队，每次入侵南疆。
九月，清军将领巴彦巴图率兵去阻挡张格尔的这支军队，由于一路上都没有遇到张格尔部队，他竟然杀害大批牧民以邀功请赏，激化了西部的民族矛盾。巴彦巴图等人最后被当地布鲁特部全部歼灭，西部大乱。
道光帝一怒之下，以贪淫虐杀回族人的罪名，将静斌和色普徵额撤职逮捕，并将他们判处死刑。道光帝感到新疆事情很棘手，他一面迅速调兵遣将，加强清军的防御力量，一面告诫伊犁将军庆祥提高警惕，密切注视张格尔的行踪，随时做好平叛准备。
果然，道光六年（1826年），张格尔伙同他的英国教官率叛军三百多人，借口祭拜祖坟，再次煽动当地民众反清。清军予以反击，将张格尔的叛军大部消灭。张格尔率百余人突围后，胁迫大批民众叛乱。
道光帝画像
因害怕新疆北部清军来支援，他竟然出卖主权向浩罕请求发兵支持。浩罕首领穆罕默德·阿里汗亲自率领万人入侵新疆南部，攻打喀什噶尔城。后因与张格尔发生矛盾，带兵撤走。但有三千多人被张格尔诱惑留下，助其攻城。经过激战，清朝守军失败。
张格尔叛乱成功后自称赛亦德·张格尔苏丹，自立为新疆南部的统治者。张格尔控制南疆后，残害生灵，淫虐妇女，搜刮财物，比以前的大小和卓还要残暴。广大维吾尔族民众强烈反抗，转而支持清军。
张格尔占据南疆的消息传到北京，道光帝意识到如果不马上平定叛乱，肯定会危及清朝在新疆的统治，因而立即进行平叛部署。清军通过柯尔坪之战和喀什噶尔之战，基本上消灭了张格尔势力。但张格尔并不甘心就这样失败，妄想卷土重来。
道光七年（1827年）末，他获悉大部分清兵已经撤回内地，便重新拼凑了一支五百多人的叛乱队伍，想趁机偷袭喀什噶尔。可他不得人心，遭到当地维吾尔族民众阻拦。后清军与张格尔叛军大战于喀尔铁盖山。
张格尔叛乱
经激烈战斗，叛军大部被歼，张格尔被擒。至此，张格尔叛乱被彻底粉碎，清军取得了最后的胜利。
道光八年（1828年），张格尔被解送京师，道光帝亲自颁发谕旨，历数张格尔煽动、组织武装叛乱和背叛祖国的种种罪行。不久，张格尔被处决。背叛祖国的民族败类张格尔得到了应有的下场。
张格尔叛乱，跟外国侵略势力密切相关。早在19世纪初叶，英国殖民主义者就不断派遣特务冒充商人秘密进入新疆地区，收集政治、经济、军事、民族等各种情报，进行罪恶的间谍活动，企图蚕食新疆，进而向中国内地扩张其侵略势力。
外国殖民者为了在新疆寻找可靠的代理人，自然就把目光瞄准了始终梦想在新疆恢复和卓家族统治的代表人物张格尔。清军在维吾尔族民众协助下，平定叛乱，维护了国家的统一和民族的团结。
