丞相为最高行政长官，禀承皇帝意旨处理国政。丞相一般设两人，以右丞相为上。以宦官充任丞相者为;中丞相”。对某些有威望的丞相朝廷还尊称为;相国”，如秦始皇时的吕不韦，汉高祖时的萧何都先后被称为;相国”。汉武帝之前，多以功臣为丞相（如萧何、曹参、王陵等）。武帝时开始起用一批儒生为丞相。
但武帝之后，丞相地位虽尊，权力却日渐缩小。武帝死后，霍光以大司马、大将军领尚书事主持朝政，其权势就远在丞相之上。西汉末，丞相改称为大司徒，与太尉改称的大司马、御史大夫改称的大司空并称;三公”，同为宰相，其权力又一次下降。到了东汉初年，光武帝以太尉、司徒、司空为三公，合称;三司”。
但其时;三公”仅为挂名宰相，只是例行公事，并无实权。正如《后汉书·仲长统传》所说：;虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职，备员而已。”所谓;台阁”，乃指;尚书台”而言。尚书台本是皇私府中负责收发文书的一个小机关，其长官曰尚书令。由宦者担任的则曰;中书令”，如司马迁受腐刑后便曾担任过中书令。
由于皇帝将实际的政务中心日渐转移到内廷，所以尚书台的地位也越来越重要，并分曹办事，终至成为处理中央政府日·常政务的机关。有时皇帝还以某些地位较高的官员加上;领尚书事”、;录尚书事”等头衔以掌管尚书台的事务，这样，领尚书事、录尚书事、尚书令、中书令等便成了实际的宰相。
;三公”中的太尉掌管全国军事。如汉初以;诛诸吕”著称的周勃便担任过太尉。汉武帝时曾撤太尉而改置大司马，如霍光便曾以大司马、大将军领尚书事的头衔主持朝政。但因大司马权力太大，而且已不限于武事，所以东汉初又取消大司马，仍改为太尉。
御史大夫为丞相之副，而其实际的职掌则是皇帝的秘书长兼内外监察的最高长官。秦汉时都设有御史府，以御史大夫为长官，以御史中丞为其副。御史府中有御史若干人，在内廷掌管档案并督察百官者为;侍御史”，出外监察郡县的称;监御史”。武帝晚年还设有;司隶校尉”，专门负责监察京都及其周围地区的治安和官员。东汉时改称御史府为御史台，别称;宪台”，以御史中丞为长官（御史大夫已改为大司空），转属少府，从此御史台遂成为专门的监察机关，而后世也便径称监察官员为;台官”了。
以上说的是;三公”。三公之外，秦汉还有九个重要的官员和官署，位在三公之下，统称;九卿”。九卿中的大部分官署原是宫廷事务机构，服务对象是皇家，但随着君主权力的增大，遂上升为中央政府的行政部门。这九卿是：
1.奉常：汉景帝更名太常。其职责主要是掌宗庙礼仪、占卜祭祀等。掌管文史星历的太史令，掌医疗的太医令，以及掌经学传授的博士等为其下属。
2.郎中令：汉武帝更名光禄勋。为皇帝的侍从武官长，平时守卫王宫，皇帝出行负责保卫工作。;飞将军”李广便曾担任过郎中令。其属下主要有掌议论的大夫及具有候补官性质的郎（多由官员子弟担任）和掌传达引见的谒者等。郎又有议郎、中郎、侍郎、郎中之分。武帝时还设过期门郎、羽林郎，为皇帝微行时的武装侍从。
3.卫尉：汉景帝曾改称中大夫令。主要掌管各宫门的守卫，及吏民奏章的上达和四方的贡献等。其属官有仆射、公车司马令等。汉代卫尉也能统率军队，其军称为;南军”。
4.太仆：掌管皇帝的车马及全国的马政。
5.廷尉：汉景帝、汉哀帝曾更名大理。掌管刑罚及狱讼审理，为全国最高的司法官。
6.典客：汉景帝更名大行令，汉武帝更名大鸿胪。掌接待少数民族及藩国来朝事宜。
7.宗正：掌皇族宗室事务。由春秋时的宗族大夫发展而来，至清代则称宗人府。其属官有都司空，掌对犯罪宗人的处置。
8.治粟内史：汉景帝更名大农令。武帝更名大司农。掌农业、租税及钱谷、盐铁，并掌国家的财政收支。其属官有都内等。
9.少府：是宫廷事务的总管。掌管皇家的钱财，并负责皇家所需物品的供应以及各种宫廷服务事宜。其属官庞杂，但有些很重要。如掌收发文书、起草诏令的尚书台，掌符节玉玺的符节台，掌监察的御史台，以及存放档案的兰台等，都先后归属过少府。后来尚书台脱离少府，成为独立的行政机构，少府职权也便缩小了。
除;九卿”外，比较重要的中央政府官员还有一些，如掌管京师治安的中尉（汉武帝更名执金吾），主管宫室、宗庙、陵寝等土木工程的将作少府（汉景帝更名将作大匠），掌宣达皇后意旨及宫中事务的将行（汉景帝更名大长秋），以及掌管归属少数民族事务的典属国（汉武帝时并人大鸿胪）等。而;九卿”加上;执金吾”、;将作大匠”及;大长秋”，便是所谓的;十二卿”。
