毛南族使用毛南语，一般认为属汉藏语系(一说属于“澳斯特罗尼西亚语系”或“台——卡岱语系”)侗台语族侗水语支。传统上毛南族没有文字书写系统，而是用汉字音义拼记或以汉字为基础创造新字来记录毛南语的民歌和宗教诵本等，这些“土俗字”只有师公和少数学者认识。
2010年后出现了以拉丁字母为基础的毛南文字拼音方案。现流传于部分毛南族知识分子中。文字详情见“毛南网”。句法特点粗略来说属SVO类型(即主语+动词+宾语)，如Maenz(他/她)bai(去)her(集市)“他/她去赶集/赶墟”;中心语位于修饰语之前，如mus(猪)naem(黑)“黑色的猪”。
毛南语音结构复杂，有声母66个，其中腭化声母16个，唇化声母13个，浊塞音及鼻音声母各两套，舌面音声母、腭化声母和唇化声母各一套。此外还有送气的清塞音与清塞擦音声母，以及V、W各有不同音位之特点。有韵母86个，其中元音16个，音位关系复杂，有10个处于长短对立状态。
有的则可以跟高元音与清塞音等韵尾结合成韵。但韵母Y、L受汉语的直接作用较突出。共有8个调类，包括6个舒声调和2个促声调，且跟汉语的平、上、去、入(各分阴阳)相当;促声调的调值因元音的长短不一而有所不同。整个调值受桂北壮语影响较深。
实用的大量固有词语中，同义词和近义词丰富;量词作计算事物数量单位外，还可以给事物区分类别。毛南语跟本语族存在不少同源词，尤其与水族语言接近，因此它表达的空间辽阔，具备语言趋同因素。
毛南语构词的手法多且有特色。如表达概念的方式有比拟、联想和转义等。单纯词的结构有声有双声和叠韵关系;汉语借词为整体吸收，其音节在毛南语中大都没有意义。合成词有三种九类方式，即有带词头、带词尾及附加音节于后等类型。另有相当数量词语的序列与汉语相反，如称牛肉为肉牛，称菜园为园菜等等。在语法中的词类(较汉语多一个语气词及象声词)、词组、句子成分和语序跟汉语基本一致，特别是同本语族更接近，其语序亦为主语—谓语—宾语。
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