康熙皇帝平定三藩用八年时间，最终因为吴三桂病逝而翻盘取得最后的胜利，其后他也对三藩和从叛人员进行了大规模的清算，其中三家祸首都结局凄惨，
吴三桂死后他的长孙吴世藩继承了帝位，在昆明城破之时，十六岁的吴世藩自尽，而他的兄弟和父亲吴应熊等人则在吴三桂起兵之初就已经在北京被斩首示众，吴三桂家族从此被斩草除根。
而三藩之外，康熙皇帝最恨的就是陕西提督王辅臣，在天下承平后，他也被找到算了总账，
王是吴三桂的旧部，两人曾经并肩作战，后来王辅臣调任陕西，吴三桂起兵后，为了扩大战果，他亲自写信给王辅臣，要他一起举义匡复汉室，但王辅臣直接把使者送到了北京，向康熙表示了自己的忠心，他希望以此为投名状，以换取更大的官位，可惜等来的却是康熙皇帝派来的陕西经略使莫洛总理军务，
没能达到目的，让王辅臣十分恼火，他和莫洛两人也水火不容，结果在莫洛率军支援四川时，王辅臣半路造反，杀死莫洛，并举兵响应吴三桂，当时凶险的局势让康熙皇帝夜不能寐，他也给王辅臣狠狠地记下了一笔账，
随着吴军没能饮马长江，局势开始倒向清廷一边，王辅臣又选择了投降清军，在平定三藩后，康熙皇帝立即下旨让王辅臣进京，面对这道圣旨，王辅臣清楚这是一道催命符，他招来家人部将，每人发了一包银子，让大家四散而去，只留下几位心腹，他命这几人将自己捆上，用金纸喷水蒙面自尽，然后让这几人上奏王辅臣暴卒而死，康熙皇帝当然明白怎么回事，看到首恶已死，也没有株连其他的家人，王辅臣总算保全了族人，但另两位藩王则没有那么幸运了。
康熙二十一年，大学生明珠在皇帝的授意下开始弹劾靖南王耿精忠，这位一直铁了心追随吴三桂造反的王爷也终于倒了霉，他被刑部议为凌迟处死，在北京当人质的儿子耿显祚被判斩首，他手下的大将也都被福建总督逮捕，曾养性、白显中、江元勋、徐文耀、王世瑜、王振帮、蒋得宏、刘进忠八人也被押送北京凌迟，
其他福建，浙江两省和耿精忠一起造反还有投降过耿精忠的总兵，巡抚，布政使等十二人也被斩首，以及当过靖封的官员也全被流放，福建，浙江两省官场几乎被清扫一空，被押送到北京的耿精忠此时才悔之晚矣，在狱中他自悔当初拥兵二十万，向东不能和延平王联合，向西不能打通江西和吴军联合，最后被怼回福建，结果导致今日身死族灭，只是世上没有后悔药，他也只能引颈就戮。
而平南王尚之信的家族则要幸运得多，尚之信的父亲尚可喜一直对清朝忠心耿耿，吴三桂起兵时多次力邀尚可喜都被他拒绝，可是年老多病的他因为要废去长子尚之信的世子之位，最后被儿子软禁，他在忧愤中病死，
尚之信起兵后则按兵不动，静观双方死斗，在吴三桂病逝后，他又投降清朝，可康熙几次下旨让他助剿，尚之信也仍然是不听调遣，这位一心只想守住广东的王爷在战后也遭到弹劾，他被以延误军情，谋叛朝廷的罪名赐死，平南王一系被裁撤，但总算尚氏家族没被灭门，他们也是三藩之中唯一留下后人的一支。
