1839年6月3日，林则徐在虎门下令当众销毁鸦片。1840年6月，英军封锁海口，发动了对中国的侵略，鸦片战争就此开始。1842年8月清政府派代表与英军议和，8月29日清政府被迫与英国签订了丧权辱国的中英《南京条约》。
美国与法国见到英国铜锅逼迫清政府签订不平等条约，在中国攫取了巨大的利益。因此，美国与法国先后照会清政府，要求与清政府签订条约，与英国享受同等待遇。
在美国、法国的逼迫下，清政府分别与两国签订了不平等条约。1884年7月在望厦签订了了中美《望厦条约》，1884年10月在黄埔签订了中法《黄埔条约》。
在这两个不平等条约中，美国、法国除了按照中英《南京条约》，要求开放通商口岸、享受片面最惠国待遇、领事裁判权等之外，与其不同的是，还额外增加一条关于允许外国传教士在中国传教、建立教堂的要求。
为什么美国、法国会提出这一要求呢？这就要从基督教传入中国开始说起了。
在历史上，基督教三次传入中国。
第一次传入中国，是在万国来朝时代的大唐帝国，基督教中东正教的一只——聂斯脱利里派沿着丝绸之路，经中亚、西域传入中国，并发展了一定数量的信徒，当时它被称为景教。景教在长安曾经深受异族欢迎，并在长安健有自己的寺庙。在前段时间大火的长安十二时辰里也曾提到这一教派，里面那位古代跑酷爱好者，就是景教的神父。
景教在唐朝一度很是繁盛，特别是安史之乱中，景教教徒曾协助平叛，使得唐朝宗室对景教很是拥护，使得景教一度繁荣。后唐武宗期间，发动灭佛，不但佛教被遏制和消灭，景教等也受此牵连，逐渐式微，随着战乱和新王朝的建立，景教逐渐消失在中国的历史中。
现在在西安碑林博物馆藏有唐大秦景教流行中国碑，上面详细记载了景教在中国的传播与发展。
第二次传入中国是在开创蒙古帝国的元朝。元朝期间，随着蒙古铁骑肆虐欧亚，整个欧亚交通被打通，大量色目人进入中国内地，异族的涌入，使得景教开始逐渐恢复。忽必烈统治期间，天主教也开始进入中国，曾有五名传教士携带罗主教尼阁三世的亲笔信前往元朝觐见忽必烈，并取得在中国传教的权利。后来又有天主教方济各会的传教士来到中国传教。
元朝期间，景教与天主教虽时有冲突，但是两个教派都在元朝有很大的发展，两派的传教士都得到了元朝政府的优待。
后来随着元朝被明朝所灭，蒙古人逃回漠北，景教逐步衰亡，天主教也逐步式微。
第三次传入中国，是在明朝中后期。明朝中后期，随着大航海的开启，天主教也随之扩展开来。而东方的印度和中国，则成为西方瞩目之地。
最早前往中国传教的是天主教耶稣会的方济各·沙勿略。1542年，方济各·沙勿略以罗马教宗保罗三世的使者名义到达印度传教。后先后在马六甲、新加坡、日本等地传教。1551年到达中国南海的上川岛，想要到中国大陆传教，但是因明朝严格执行闭关锁国的海禁政策，他几次提出登陆遭到中国官员拒绝，最后在上川岛忧郁而死。
1557年，葡萄牙非法获得对澳门的租用权，这使得澳门成为西方传教士前往中国的基地和中转地。公元1574年，传教士范礼安奉命，率三十八位教士乘船来到东方，计划在东方传播天主教思想。他碾转于亚洲各地，却也未能进入中国内陆。但是他认识到，想要到达中国传教，必须了解中国，必须学习中文，这使得后来进入中国传教的传教士，在进入中国之前，都学习了一定程度的中文。
1583年，在澳门学习了一年中文的天主教耶稣会传教士利玛窦和罗明坚，终于登上了中国陆地，他们来到了广东的肇庆，在那里传播天主教，并建立了在中国大陆的第一个传教所。
利玛窦等传教士，结合中国实际，在宣传天主教时，对天主教教义与翻译做了一定程度的修改，这也为日后的礼仪之争埋下了隐患。
利玛窦等进入北京后，发现中国的儒家文化很强大，而且天主教中的相关描述与儒教传统思想冲突很大，并且中国的儒生集团是个很强大的集团，要想传播天主教，必须要先从儒生下手。
因此，利玛窦通过以交流天文、数学等科学知识的方式，与徐光启等明朝士大夫交往频繁，并且学习穿着儒家服饰，自称西儒，这使得他们很快融入到上层士大夫之中。
尤其是对中国传统的尊儒尊孔，祭孔祭祖的思想与行为，予以尊重和理解，对此予以解释，认为这并不违反天主教信仰上帝的教义相违背。由于利玛窦的这一开明思想，使得天主教在中国发展很好，不仅在民间得以传播，也到了朝廷的支持和任用。
随着明朝灭亡，清朝建立，利玛窦此时已去世多年，而耶稣会的传教士也得到了清朝的认可和信任。传教士汤若望为清朝制定历法，观测天文，历任钦天监事、监正、太常寺少卿，出入宫廷，颇受重用，天主教随之也得到了蓬勃的发展。到康熙初年，天主教教众已经多达数十万。
随着天主教的发展，与传统儒家思想的冲突也越来越多。传教士与儒家的矛盾也逐渐激化。康熙三年，士大夫杨光先上书批评汤若望的新历法，后又上书弹劾钦天监李祖白在书中有中国的祖先本是犹太人之说。
经过双方多次对质，最终朝廷下令，认定汤若望等妖言惑众，判处汤若望凌迟处死，其余相关官员除以斩刑，其余传教士驱逐出境。后来在孝庄太后的营救下，汤若望等传教士才得以幸免。
康熙亲政后，对西方传教士的科学知识很感兴趣，将传教士任命为侍从讲学，跟随学习科学知识，天主教教士南怀仁再次被任命为钦天监监正，天主教再次得以发展。
当时，在中国传教的除了天主教耶稣会，还有天主教的多明我会、方济各会等。由于耶稣会能够根据中国实际，采取妥协方式，使得耶稣会成为势力最大的教派。
耶稣会的妥协引发了多明我会的强烈不满。1643年，多明我会士黎玉范向罗马教廷控告耶稣会，指责他们会容忍放任中国信徒祭尊孔尊儒、祭祖祭孔，指责他们放任中国信徒参加天主教以外的祭祀活动，指责他们容忍对孔子、皇帝使用圣字等。
罗马教廷对此很是不满，下令要求耶稣会更改这些做法，必须禁止中国信徒再有以上行为。但是随后，耶稣会派人回国申辩，指出这既不违反教义，又有利于教徒的扩充，随后教廷认可了耶稣会的申辩，取消了之前的命令。
自此以后，在中国的耶稣会、多明我会、方济各会等教派虽然对此对此争论，但是教廷也一直是认可耶稣会的做法。
1693年，法国外方传教会的主教阎当，在福建教区，发布了禁止中国教徒进行中国传统礼仪的禁令，自此争议迅速扩大。
1704年，教廷下达禁令，禁止中国教祭孔祭祖等行为，并派主教铎罗作为特使前往中国宣令。1705年铎罗到达北京，康熙帝隆重的接待了他。第二年他向康熙传达了教廷的禁令，康熙极为恼怒，随后将其遣送到了南京。
1707年铎罗在南京私自发布了教廷的禁令，康熙大为恼怒，下令将其驱逐至澳门，关入葡萄牙人的监狱软禁，1710年死于澳门监狱。
虽然康熙对于教廷干涉中国内政很是愤怒，但是他还是没有将其一杆子打死。为了说明中国实际情况，他派遣樊守义作为使臣随法国传教士出使罗马教廷。1709年到达罗马，樊守义受到了教皇接见，并且双方多次就传教问题进行了交流和沟通。樊守义在意大利居住了9年，直到1718年，才被允许回国。
1719年，教廷再次派遣特使嘉乐来到清朝，康熙先后接见嘉乐十三次，对其很是优待。但对于教廷禁令一事，不予讨论。1721年，嘉乐最终还是向康熙上奏了禁令文本，康熙阅后表示，西洋小国，如何懂我大国之文化，若是如此，以后就不要再来传教了。
面对康熙如此表态，耶稣会与嘉乐商议后，决定私自在禁令上加上了八条变通之法，使得中国教众继续可以祭孔祭祖，但这并未从根本上解除纷争。对此，康熙表示不以为然，要求在中国的传教士不得执行教廷禁令，否则一律驱逐出境，不得再进行传教。随后，不执行禁令的，留在中国继续传教，执行禁令的，被驱逐出境。
随后，教廷又多次强调禁令，1724年，雍正下令禁止天主教，不许中国人信教。同时驱逐各省传教士，将其遣往澳门、广州，不许入内地传教。各地教堂被拆除、改建。只有在北京的传教士没有遭到驱逐。
1735年，教廷废止“嘉乐八条”。1742年教廷再次重申禁约，并禁止在华传教士讨论"礼仪"问题。
1746年，乾隆下令处死私自在内地传教的传教士。1785年，乾隆再次下令清理私自在内地传教的传教士。1775年，中国耶稣会接教廷通谕，随之解散。1805年，嘉庆重申禁止传教，各地响应，传教士和教徒再次遭到打击。1815年，嘉庆下令处死违禁传教的传教士，并牵涉教徒数人。
这次因中国信徒是否可以保留中国传统的争端，被称为礼仪之争。而这场争端，表面是天主教义与中国传统文化的争端，实则是西方教廷妄图通过教会来干涉中国内政。天主教廷以耶稣的名义，妄图把清政权变为受天主教操纵的世俗政权，同时，禁令禁止尊孔祭祖，而尊孔祭祖，这是中国传统文化的根基与基石。
所以，不可避免的，天主教在中国被禁止了百余年，直到鸦片战争后，天主教才得以重新来到中国。
而关于祭孔祭祖之习俗，直到1939年，罗马教廷才终于下达教令，撤消了对中国教徒祭祖祭孔习俗的禁令。
