如果耿精忠始终没有参与反叛，最后不但能保住性命，康熙还会给他不错的待遇。但耿精忠的反叛却早有预谋，虽然后来投降了清朝，但投降的时候耿精忠已没有任何本钱，是在穷途末路迫不得已的情况下才选择的投降。如果他投降的时候还有些本钱，或许还能保住一命。之所以刚投降的时候没杀他，是因为当时耿精忠还有些用处，等到1682年三藩已基本平定的时候，留着他也没了任何用处，自然就被康熙处死了。
“三藩”由来
耿精忠是第三代靖南王，第一代靖南王耿仲明与孔有德、尚可喜三人原是明朝江东总兵毛文龙的部将，被毛文龙收为“义孙”。后来毛文龙被袁崇焕斩杀，耿忠明就和孔有德就投靠了山东登莱巡抚孙元化。
崇祯四年（1631年），皇太极率军攻打大凌河，明将祖大寿孤军困守，孙元化令孔有德率八百骑兵赶赴支援，孔有德到了河北与山东交界的吴桥时，遭遇大风雪，部队给养不足，士兵饥饿难耐，有一名士兵便偷了当地望族王象春家里的一只鸡。王家有人在朝中当官，对于丢失一只鸡的事情不依不饶，仗着势力要孔有德给说法，孔有德迫于压力不得把肇事的士兵穿箭游营，此举激起了士兵们的愤怒，士兵们随后杀了王象春的家仆，发动了兵变，孔有德见事已至此，“反亦死，不反亦死”，就干脆领导了兵变，在当地洗劫一通后又杀回了山东，兵围登州，与登州城内的耿仲明里应外合活捉了孙元化。干完这票以后，两人知道是不能继续留在明朝了，便索性渡海投靠了明朝的敌人后金。
投降后，孔有德和耿仲明得到了皇太极高规格的礼遇，他们的士兵也被编入汉军正黄旗，号“天祐兵”。而尚可喜则因受到上级的猜忌与陷害，被迫于天聪八年（1634年）降清，后来尚可喜所部就被编入了汉军镶黄旗，号“天助兵”。
孔、耿、尚三人的归降给清朝带来了大批汉人，为清朝稳定辽东起到了重要作用。后来清军入关后，以吴三桂、孔有德、耿忠明和尚之信四人出力最多，因此在平定南明后，吴三桂被封为平西王，镇守云南；尚可喜被封为平南王，镇守广东；耿忠明被封为靖南王，但他的部下犯了藏匿逃犯罪，在顺治六年（1649年）畏罪自尽，其子耿继茂承袭了王位，镇守福建。此三人是为“三藩”。除三藩外，定南王孔有德在顺治九年（1652年）被南明大将李定国围困于桂林，兵败后自焚而死，其幼子也被李定国杀死，定南王一脉因此断绝。
耿精忠反叛
康熙十年（1671年）耿继茂病死，其子耿精忠承袭王爵。
耿精忠承袭王位后，在福建过起了土皇帝的生活，他不但在辖区内搞起了各种经营，还对当地百姓百般盘剥、横征暴敛，甚至不顾清朝海禁政策，与荷兰人搞起了走私贸易，从中谋取暴利。后来耿精忠身边还聚集了不少宵小之徒，也逐渐有了不臣之心。
康熙十二年三月十二日，年已七十岁的平南王尚可喜上书康熙请求告老还乡，并希望其子尚之信能承袭王爵镇守广东，不过这个时候康熙有意削藩，便乘此机会诏令撤掉平南王一藩，尚可喜见事已至此无法挽回，便打算服从接受了。
但这个事情却触动了吴三桂的神经，吴三桂本意效仿明朝沐英家族世守云南，他知道尚可喜如果真的被撤藩，之后不久就会轮到自己撤藩了，不由得重视起来。吴三桂认为康熙不会撤他的藩，如果这个时候上书康熙请求撤藩的话，就能打消康熙的疑虑，表明自己的“忠心”，便上了一封请求撤藩的奏折，耿精忠也就着吴三桂一起上书请求撤藩。
但两人却不想弄巧成拙，康熙竟然真的同意了他们撤藩的“请求”，这就逼得吴三桂不得不反了。康熙十二年（1673年）底，吴三桂在云南起兵反清，之后仅用了三个月就占据了云、贵、湘、川四省，一时声势浩大。
见吴三桂起兵得手，耿精忠便在来年（1674年）三月响应吴三桂，在福建起兵反清，在起兵的当天，他还囚禁了福建总督范承谟（范文程之子）全家。
耿精忠起兵后不到一个月就占据了福建全境，之后兵分三路向浙江和江西发动了进攻，西路军攻到了长江沿岸的湖口、彭泽，甚至一度攻入安徽，占据徽州；东路军一路攻下了温州、乐清、仙居，自逼绍兴、杭州；中路军则攻到了金华和衢州，与清军对峙，耿精忠形势一片大好。
耿郑互撕
在进军浙江、江西的同时，耿精忠还联络了台湾的郑经，相约郑经重返大陆共击清军，事成之后许以漳州、泉州二府。这个时候的郑经已经失去了大陆的全部领地，见耿精忠在福建起兵，也认为扩张地盘的时候到了，便应耿精忠之约率军在福建沿海登陆，在绍安和建宁等地开始招兵买马。
耿精忠来到厦门后，见郑经的部队兵不过两千，船只不过百，便轻视起了郑经，觉得郑经就这点人马对他起不到多少帮助，跟郑经合作就不划算了，对之前的约定也反悔了起来。耿精忠要郑经带着人马回去，之前承诺的一切，包括互通贸易、许诺的地盘、兵员和钱粮支援就统统不作数了。
郑经得知耿精忠变卦后怒不可遏，便从台湾调来了大量的军队，跟耿精忠火并了起来。1673年5月，郑经攻下泉州，8月攻下漳州，9月在兴化城下大败耿军，11月又攻下了漳浦镇，一时间耿精忠后院大火四起。
这个时候耿精忠才知道了郑经的厉害，便打算跟郑经讲和，但郑经并不理会，甚至发出公告，宣布不再与耿精忠合作，而是要与吴三桂共同匡扶明室，恢复明朝基业。不过郑经不知道的是，吴三桂其实已经另起炉灶，不打算恢复明朝了。
PS：吴三桂起兵的时候自封“周王”，耿精忠则自称“甲寅”，都没打明朝的旗号。
如果郑经和耿精忠能够相互配合，由郑经率领水师北上直取南京、天津，断绝清军粮道，耿精忠从浙江继续北进，则两人很可能能联手拿下南京。但耿精忠和郑经都是小肚鸡肠的人，为了一点利益就相互撕逼。这个时候吴三桂也不愿看到两人撕逼，毕竟吴三桂需要两人能联手在东南战场牵制清军，以减轻他正面战场的压力，就派人过去调停两人矛盾。经过一番调停，到了康熙十四年（1675年）一月耿精忠和郑经才达成协议，以枫亭（今福建省仙游县枫亭镇）为界，以北属耿精忠，以南属郑经，双方的撕逼才告一段落。
走向末路
就在耿精忠与郑经相互撕逼的时候，康熙可没闲着，陆续增兵安徽、江西、江苏、浙江等地，并加紧了对耿军的攻势。为了防止耿精忠在江西与吴三桂会合，康熙命安亲王岳乐为平寇大将军，从安徽进军江西，阻隔耿精忠西路军与吴三桂军的联系；命简亲王喇布为扬威大将军，镇守南京；康王杰书为奉命大将军在浙江向耿军发动进攻。
从1674年7月到11月，清军在浙赣两省向耿军发动了反击，接连夺回了江西饶州、石城、彭泽，浙江嵊县、诸暨、义乌等失地，耿军的攻势被遏制下来。
到康熙十四年（1675年）正月，浙江清军在桃花岭击败耿军，收复了处州，之后耿精忠在金华对清军发动反击，但被清军击退。而围攻衢州的耿军未能得手，被清军赖塔部击败。8月10日，清军又在浙江连续击败耿军曾养性部，曾养性最后退到了温州，清军随即围攻温州数月而不能下。
9月3日，清军在永嘉与三万耿军相遇，双方从早晨一直打到了傍晚不分胜负，但后来清军还是占了上风，耿军战败，上万人被斩，到19日清军又攻下了青田县，兵锋直逼福建。
郑经在与耿精忠达成和议后，就不停地开始扩大地盘，到康熙十五年（1676年）的时候占据了闽粤的漳州、泉州、潮州和惠州四府，实力大增。但此时周边都是反清的“盟友”（此时尚之信已相约反叛），就没有清朝领土可占了，为了增加地盘就不可避免地跟耿精忠发生了摩擦。
当年5月，耿精忠部的汀州总兵马应麟暗中联络郑经，表示愿意献城投降郑军，郑经大喜，还真的把汀州接收了，这种背盟的行为自然令耿精忠大为不满，耿、郑联盟再次破裂。
郑经内部对于背盟行为也引发了争论，郑经的吏官都司陈俊音就认为，所谓唇亡齿寒，如果不是耿精忠在浙江抗击清军，郑军也不能保住漳州、泉州这些地方。郑军只有帮助耿精忠才能成大事，但郑经目光短浅，根本就听不进这些话。
兵败投降
面对后院起火的形势，耿精忠在对付清军的同时，又不得不从浙江、江西前线抽调精锐回后方去对付郑经，陷入了两线作战的境地。这个情况被康熙看在了眼里，于是康熙命令浙江和江西两地的清军加紧对耿军展开攻势。8月16日，赖塔攻占九龙山，到20日夺取了仙霞关，之后就长驱直入福建，于23日攻克蒲城，9月3日又攻克了建阳县（今建阳市）。此外在江西战场，安亲王岳乐大败耿军大将白显忠，歼灭了耿军在江西战场的主力，白显忠最终投降。就在清军正面大军压境之际，郑经还在耿精忠后方不断地“攻城略地”，导致耿精忠腹背受敌，其部众斗志全无，遇到清军皆望风而逃。
到1676年9月底，康亲王杰书攻占延平（今福建省南平），福州已近在眼前，而“配合”清军的郑经也已经攻到了兴化，到此时耿精忠已经山穷水尽了，在抵抗无望的情况下，于十月初四向清军投降。
不过在投降的前夕，耿精忠却残忍地将范承谟全家五十三口人全部秘密处死，此举成为了他后来被凌迟处死的一个重要原因。不过刚投降的时候，康熙还是非常高兴的，仍然保留了他靖南王的爵位，毕竟这个时候康熙还需要耿精忠帮他稳定福建并对付郑经。
之后在清军的配合下，耿精忠就带着复仇之心向郑经发起了进攻，康熙十六年（1677年）正月二十九日，耿精忠与清军在兴化围住了郑经赵德胜部的二十六营官兵，最后将其全歼。二月初九，清军进攻泉州，郑军不敌，随放弃漳州、海澄等地。之后不到半年时间，郑经在沿海的领地就全部易手了。
耿精忠的最终下场
虽然耿精忠投降了，虽然耿精忠后来也为清廷平定三藩做出了些贡献，但在他投降的那一刻起，就注定了他离死不远了。
早在康熙十八年吴藩还未剿灭时，康亲王杰书就上书康熙要求将耿精忠正法，康熙以时机尚未成熟为由拒绝了。在康熙看来，当时广西、湖南等地刚刚收复，如果把耿精忠正法了，那投诚的人就会生二心，没投诚的人就不敢投诚，因此将杰书的奏折留中不发。但到了康熙十九年三月，康熙见大局已定，福建已经太平，便召耿精忠入京。耿精忠进京后不久，他的弟弟耿阳忠与耿聚忠就告发了他，说他在反正后还有“图谋不轨”的行为，请求康熙严惩，并与其划清界限。之后，耿精忠的部下也纷纷告发了他“叛逆”的罪行，康熙便革去了耿精忠的爵位，下令将其看押。在昆明攻克后不久的康熙二十一年正月二十，耿精忠最终被康熙凌迟处死。
对于耿精忠来说，既然走上了反叛这条路，那也就只能走到底了，其实在反叛的那一刻起，除了反叛成功以外，耿精忠就绝不会有活路。康熙之所以对很多投诚的人都“既往不咎”，主要也是因为天下没有平定，杀了这些投诚的人会导致人心的浮动。但在天下平定之后，就是康熙秋后算账的时候了，康熙只杀了耿精忠一人而未株连耿精忠全家，在当时来说也是对耿精忠的“仁慈”了。
