松锦之战直接导致后来的甲申国变，明朝灭亡，而这一战，明军唯一的机动部队基本报销，那么，这一战，明军是如何输掉的呢？
指挥这一战的是蓟辽总督洪承畴，首先，在松锦之战爆发之初，洪承畴制定的作战指导方针并不是“以守为战”，而是且战且守即“守而兼战”的方针，崇祯十三年（1640）四月，当崇祯得知清兵在义州筑城屯田、图谋锦州的消息，命令辽东督抚镇臣：“密等方略，自行回奏”时，洪承畴密陈方略即明确指出：“今日筹辽非徒言守，必守而兼战，然后可以成其守；而战又非浪战，必正而出之奇，然后可以成其战。”
话说得再清楚不过，他的作战方针既不是一味死守的消极防御，也不是一味激战的冒险进攻，而是“守而兼战”，一边防守，一边进攻，稳扎稳打，逐步推进。当时，兵部将他的这个方针概括为“战守双筹，内外兼顾”，应该说是准确的。
洪承畴的这个作战指导方针，是充分吸取以往明清交战的经验教训，根据敌我双方的各种因素而制定的。萨尔浒之战，杨镐对后金军队的作战能力估计不足，不听杜松、刘綎“敌未可轻”的劝告，轻举妄动，四路进兵，结果导致全军覆没。
后来熊廷弼、孙承宗、袁崇焕的战守无资、形势险峻的情况下，采取以守为主、相机进攻、稳扎稳打、逐步推进的作战指导方针，都曾有效地遏制了清兵的攻势，只是由于朝廷的腐败，党争的阻挠破坏，才没有坚持下去。
皇太极在征服朝鲜后，掠夺了大批人口、牲畜和金银财物，大大充实了自己的力量，于是开始准备夺取辽西地区，以确保其辽东的统治，并为入中原打开通道。皇太极鉴于满族骑兵擅长野战、不善攻城，过去强攻宁、锦两场的失败教训，于是在义州筑城屯垦，对锦州采取围而不攻、长期围困的“持久之策”，力图迫使明军“耕种自废，难以图存”，撤锦州之守而回宁远，再撤宁远之守而回山海关。
为了解锦州之围，明廷把所有能够调动的约莫14万左右的军队，由洪承畴指挥援辽。洪承畴的作战指导方针，即前文所言那样，稳扎稳打，挡住清兵咄咄逼人的攻势，逐步扭转明军的被动态势。
清军先是连续攻破锦州城东五里台、城北晾马台等几个明军哨所，又攻克锦州城西九台与小凌河西岸等11个明军哨所，加紧对锦州的围困。七月，洪承畴为解锦州之围，率东协总兵曹变蛟、援剿总兵左光先、山海关总兵马科，与吴三桂、刘肇基合击清兵于杏山城北的黄土台，获胜后进至松山，再次击败清兵。
此次进兵“凡三战，松山、杏山皆捷”。清兵的大部队于是退屯义州，不再出战。洪承畴乘机亲至杏山，督令明军将士将由天津海运至老西各仓的米豆抢运到塔山、杏山、松山和锦州。
到九月初六日，运至锦州的粮饷已足可支持到次年三月，松山的粮饷可支持到次年二月，杏山、塔山的粮饷也“所积颇多”。此后，考虑严冬将临，前方战事较少，洪承畴才命马科、吴三桂、刘肇基率所统兵马入关休整，以利来年再战；同时令吴三桂、刘肇基率所统之兵往来松、杏之间，佯示进兵。
皇太极对围攻锦州的失败大为恼火，撤换了围锦州的统帅多尔衮，将其由亲王降级至郡王，派济尔哈朗代替，济尔哈朗按照张存仁的建议，在明军炮火的射程外扎营，将锦州严密包围起来，并策反城里的两营蒙古军，夺占锦州外城。
洪承畴见锦州危急，于四月下旬率大同总兵王朴、宣府总兵杨国柱、中协总兵白广恩、前屯卫总兵王廷臣及马科、曹变蛟、吴三桂齐集宁远，而后向松山进兵，在东西石门与清兵展开一场激战。祖大寿听到炮声，知道援军已到，也率兵出城，对清兵形成夹击之势，此战使得清兵向北退却。明军获胜后遂在松山西北立营，到了六月，济尔哈朗向明军再次发动进攻，却被明军反而夺取了乳峰山顶正红旗、镶红旗、镶蓝旗的清兵营地，击毙清将梅勒章京翁阿岱等人。
战争到了这里，实际上只要明军坚持下去，大概清军在无法实现战略意图，且国力有限的情况下，自然会退兵，明军有极大可能赢得锦州保卫战的胜利。
然而，这个时候，暂时陷入低谷的西北农民起义军又重新活跃起来，当月，张献忠、罗汝才卷土重来，攻占湖广的谷城和房县，于七月间击败来镇压的官军，崇祯为此直接斩了主持抚局的总理军务熊文灿，派杨嗣昌接手。
而张献忠西入四川，以走致敌，再于崇祯十四年正月率部东下，进入湖广，于二月间攻克襄阳，诛杀襄王，迫使杨嗣昌自杀而亡。然后率部转攻河南，李自成也与崇祯十三年6、7月间进入河南。
面对这种形势，兵部尚书陈新甲坐立不安，他深知崇祯一向急于求成，又性多猜疑，臣僚有功即予旌赏，稍微有失误便严加惩处。如果辽西的战事不能尽快结束，明军无法腾出手来，集中全力镇压农民起义，起义的烈火越烧越旺，自己作为兵部尚书便难辞其咎，后果将不堪设想。
因此，五月间，当崇祯找询锦州解围之策时，他提出分兵四道进攻夹击的方案，希望能速战速决。洪承畴坚决表示反对，崇祯本来也支持洪承畴，但是，陈新甲仍坚持己见，而七月时，清兵因粮饷不足，扬言入攻三协以虚张声势。京师的明朝君臣最怕清兵从三协趁虚而入，威胁北京，于是陈新甲又以此为借口，写信威胁洪承畴，大意就是，你打仗打了一年多，耗费的钱粮有十多万而锦州之围也没有解除，这时候清军犯三协，你到底是要去堵住清军犯三协，还是继续辽西解锦州之围？反正无论选择哪种结果，你又有什么脸面对满朝文武，面对圣上？
与此同时。陈新甲还向崇祯反复密陈速战速决与守而兼战的利弊，并推荐前绥德知县马绍愉为兵部职方司主事，出关赞画军务。崇祯遂密敕洪承畴刻期进兵，兵部还拨给步骑兵13万，超过原议10万之数，洪承畴只得将军饷留在宁远、杏山与塔山西北的笔架山，自率6万大军先行，余军继后，至松山集结，这就埋下了日后惨败的祸根。
明军主力挺近松山，此时清军统帅为多尔衮，双方连续几日作战，互有胜负，但战事焦灼，一时半会分不出胜负，于是多尔衮向沈阳要求，改变原先以半数兵力出战，半数兵力在家休整的做法，全军出战。
皇太极急得“忧愤呕血”，只得按其要求，倾国出动，使得参战总兵力在总数上超过了明军，并代病亲往松山督战。皇太极一到松山，就抓住明军缺粮而又不擅野战的致命弱点，采取围点打援的战术，将主力推进到塔山、杏山之间，不仅夺去明军留在笔架山的粮草，还下令掘壕设障，切断明军与后方的一切联系和粮饷供应。
明军因为缺粮，洪承畴打算拼死一战，然而诸将主张回宁远，军心顿时涣散，洪承畴只好令曹变蛟、王廷臣两镇兵马坚守松山，其余六总兵分左右两路突围。此前吃过败仗的王朴，率先逃跑，吴三桂、唐通、马科、白广思、李辅明也率兵沿海而逃，结果遭到清兵截杀，伤亡惨重。
松山主力也决定要突围，然而三分之二兵力决围冲阵，后又遭到清兵阻击，移屯海岸又尽没于潮水，仅剩下200余人脱险生还，眼看突围无望，洪承畴派人东走小凌河，绕道漠南蒙古，向朝廷求援兵。
松山上的1万多守军苦苦坚持了八个月，始终不见援军到来，于是，1642年二月十八日，松山副将夏成德叛变降清，引清兵入城，辽东巡抚丘民仰与总兵曹变蛟、王廷臣等被杀，洪承畴被押解沈阳后降清，四月，清兵又攻破塔山，迫降杏山，历时两年的松锦战役宣告结束。
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