崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流放三千里。袁崇焕作为明末历史上无法绕过的人物，关于其被杀之事，几百年来便始终争论不休。个人认为，袁崇焕的被杀主要源于崇祯的性格和当时的朝中形势，至于袁崇焕是否通敌卖国，是否擅杀大将，关系其实并不算大。
袁崇焕凭借“五年平辽”，换取了崇祯无尽信任早在天启年间，袁崇焕便曾在辽东任职，官至辽东巡抚，并先后参与了宁远之战和宁锦之战，然而在“宁锦大捷”后，由于阉党的弹劾，导致袁崇焕并未获得应有的赏赐，于是愤而辞官，明廷则以王之臣接替袁崇焕担任督师兼辽东巡抚。
天启七年（1627年），明熹宗朱由校驾崩后，明思宗朱由检即位，随着魏忠贤的被杀，阉党随之倒台，而袁崇焕也随之被重新启用，被任命为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。
次年七月，朱由检于平台召见返回京师的袁崇焕，在这次君臣奏对中，袁崇焕说道“方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年，全辽可复”，这便是著名的“五年平辽”。由于崇祯对辽东事务并不熟悉，也不知道平辽到底有多难，只知道为了辽东朝廷已经投入了大量人力、军力、财力，因而听到袁崇焕五年便能平定辽东，自然极为高兴，因而承诺“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福”，这个承诺可以说是极有分量了。
为了能够实现“五年平辽”的愿望，崇祯对于袁崇焕的支持可谓空前强大，袁崇焕要求“五年内，户部转军饷，工部给器械，吏部用人，兵部调兵选将，须中外事事相应，方克有济”，崇祯便下令让户部、工部、吏部、兵部全力配合；袁崇焕又说“以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋”，崇祯便收回了王之臣、满桂的尚方宝剑，并将之赠给袁崇焕；袁崇焕又要求“崇焕请停巡抚”，崇祯便罢免了登莱巡抚孙国桢，并不再设立。
我们知道，明末时期朝廷财政极为紧张，但崇祯对于袁崇焕的财政支持，却是不遗余力，几乎是要钱给钱、要粮给粮。例如，袁崇焕杀死毛文龙后，为稳定其部属，便上书请求为东江兵增饷“（每年）四十二万，米十三万六千”，朱由检虽然对于兵员减少，粮饷增加比较疑惑，但还是同意了这一请求。
可以说，在袁崇焕做出“五年平辽”的承诺后，崇祯对其的信任达到了顶点，即使当时有人宣称袁崇焕手下军队有“私人化”迹象，但崇祯还是不为所动。然而，帝王这种毫无保留的信任，看起来似乎风光无限，但往往也会成为祸根。
杀毛文龙虽然不合规矩，但崇祯却认可了其作为在袁崇焕被下狱处死的罪名中，“谋款斩帅”无疑是极为重要的一条罪状，而该罪名所指的事件，便是袁崇焕矫诏擅杀毛文龙之事。而一直以来，杀死毛文龙事件，也是袁崇焕身上最大的争议点之一。
毛文龙的东江镇，虽说曾在对抗后金的战争中发挥过一定作用，但后期由于粮饷的问题，作用已经极弱。而也正是因为粮饷不济，毛文龙的确犯下了虚报兵力，也有走私禁物的罪状，不过毕竟情有可原，袁崇焕对此也算是心知肚明，甚至在早期还对毛文龙多有助益。
根据《崇祯长编》的记载，由于当时莱州道核准东江镇只有兵员2.8万（毛文龙虚报20万），因此朝廷降低了东江镇的粮饷，而在毛文龙被杀两个月前，又有人控诉毛文龙两犯登莱，贪污巨额公款。如此情形下，袁崇焕却上了一道《计复辽南及为东江请饷疏》，在奏折中极力为毛文龙开脱。之后，袁崇焕又将毛文龙请到宁远攀谈了一番，出于感激，毛文龙承诺将全力协助袁崇焕对皇太极实施“东西合进之局”，袁崇焕极为满意，当即为东江镇请饷十万。
而在毛文龙被杀前一个月，袁崇焕再度在《为商定恢复之书以复台臣之问仰祈圣断事》中为毛文龙说情，表示自己急需毛文龙发挥作用。可见，袁崇焕与毛文龙最初的相处还是比较融洽的，而两人的反目，则是源于毛文龙的食言。《蓟辽督师题本》有载“今后旅顺东行文龙印信，西行督师印信；又檄定营制；又檄谕恢复镇江、旅顺；毛文龙俱未遵依”，即袁崇焕多次给毛文龙下令，均被毛文龙拒绝。
对于毛文龙这种背信弃义的举动，袁崇焕极为恼怒，再加上毛文龙的确有诸多不法事，于是便有了袁崇焕矫诏处死毛文龙之事。袁崇焕虽然有专断之权，但对于毛文龙这种同样持有尚方宝剑的高级武官，却是没有私自处置之权的，更何况还是矫诏处死。
然而，袁崇焕却只是在事后上了一道奏疏，结果便将此事揭了过去，不仅没有怪罪袁崇焕，甚至还对其处置方式予以了肯定。不过，崇祯虽然没有怪罪袁崇焕擅杀大臣，但杀毛文龙这件事，却成为了袁崇焕的催命符。
“己巳之变”后金杀至京城，袁崇焕被下狱后凌迟处死崇祯二年（1629年）十月，就在毛文龙被杀仅仅四个月后，皇太极取道蒙古，以蒙古喀喇沁部骑兵为向导，亲率八旗大军，避开袁崇焕防守的关宁锦防线，绕道蒙古地区，突袭明长城蓟镇防区的脆弱隘口龙井关和大安口，破墙入塞，进攻北京，“己巳之变”爆发。
十一月，得知清军绕道蒙古入关后，袁崇焕连忙率领祖大寿、何可纲入关勤王，并一路分兵留守经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城。直到此时，朱由检仍然对袁崇焕表示了信任，不仅下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领各地援军抵抗清军。
十二月初一，后金在进攻京师受挫后，因补给耗尽退往良乡，然而就在袁崇焕准备率兵追击时，崇祯突然又来了个平台召对，后不顾帝师文震孟等大臣的反对，坚决将袁崇焕下狱。
得知袁崇焕被下狱，明军立即陷入混乱之中，皇太极于是又趁机杀回京师，并在永定门全歼明朝四镇4万精锐后，又率领八旗兵肆意抢掠。眼见敌军势大，崇祯又连忙下诏让各路兵马驰援，结果入援的陕晋边军因无饷哗变，并加入流寇，直接导致农民军在崇祯三年迅速壮大。
崇祯对袁崇焕态度的急剧变化，无疑让人极为不解。那么崇祯为何会不顾一切的将袁崇焕下狱呢？个人认为，《崇祯遗录》作者、此次事件亲历者、明末锦衣卫王世德，给出的答案相对较为合理。袁崇焕之所以被下狱，并在最后被凌迟处死，主要源于以下三点原因。
1、东江旧部的污蔑。明末御史毛九华在《东江遗事》中，明确提到，当时有“东江逃将潜往京师，伪造讹言者，立拿正法，将龚正祥严行督师递解回籍”。也就是说，当时有包括龚正祥在内的毛文龙旧部潜入京师，于民间制造舆论，恶意中伤袁崇焕。
2、朝廷内部的党争。袁崇焕上任前曾与内阁首辅钱龙锡讨论过毛文龙的去留问题，因此当时钱龙锡的政敌，便开始拿袁崇焕擅杀毛文龙之事大做文章。只不过在他们的言论中，袁崇焕擅杀毛文龙乃是受钱龙锡指使，并言称毛文龙被杀乃是袁崇焕与后金的密约，以此来坐实袁崇焕投敌卖国的罪状。如此一来，便可趁机以“奸党误国”为由将钱龙锡扳倒，于是他们一面夸大毛文龙的抗金作用，另一方面则极力渲染“谋款斩帅”的罪状。
3、朝中大臣的指责。由于后金破关而入极为蹊跷，尤其是赵率教的中伏身亡和刘策军队的调遣，让当时朝中不少大臣认为，清军入关就是袁崇焕故意所为，因而纷纷诽谤袁崇焕与后金互相勾结，而这便是袁崇焕"遣散援兵"的罪状来源。
虽说此时崇祯帝在位已经三年，可他毕竟只是个18岁的少年，再加上从来没有经历过帝王的系统培养，导致其执政能力仍然相对较弱。因此，在满朝文武都对袁崇焕非议不止的情况下，以崇祯太过敏感又疑心过重的性格，自然也就产生了疑虑，于是便将袁崇焕下了大狱。不过，下狱却不一定要处死，崇祯也曾将不少人下狱，但最终又释放重用的也不在少数。
然而，眼见袁崇焕下狱，朝中立即便有人开始落井下石。先有兵部尚书梁成栋上《请斩袁崇焕疏》，为袁崇焕扣上了“谋款斩帅”的帽子，后有温体仁连上五道奏疏请杀袁崇焕，而魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人也趁机大造声势。
面对群情汹汹的满朝文武，本就对袁崇焕产生了疑心的崇祯，几乎已经失去了正常思考能力，再加上因“五年平辽”而对袁崇焕的极度失望，以至其最终采纳了梁廷栋、温体仁的建议，以“谋款斩帅”为主要罪名将袁崇焕定罪，于崇祯三年（1630年）八月将袁崇焕凌迟处死，而钱龙锡也在同年十二月被逮捕下狱。
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