北洋军阀的历史共有16年，分为四个阶段，每个阶段正好是4年。第一阶段是袁世凯时期，从1912年到1916年；第二个阶段是皖系军阀时期，从1916年到1920年；第三个时期是直系军阀时期，从1920年到1924年；最后一个时期是奉系军阀时期，从1924年到1928年。
皖系、直系和奉系都是在袁世凯死后先后掌控北洋中央政权的三派军阀势力，这些军阀势力的名称都由其领袖的籍贯而得名，如皖系的领袖段祺瑞是安徽人，因此被称为皖系军阀；直系军阀的领袖冯国璋是河北人，因此被称为直系；奉系军阀的领袖张作霖是奉天（沈阳）人，因此被称为奉系。
袁世凯还在的时候，无论是皖系还是直系、奉系，其实都是他的小弟，等到袁世凯死后，这些小弟就要起来争老大了，第一个起来当老大的便是皖系。
皖系当政，主要分为三个时期：
黎元洪总统时期（1916年6月-1917年6月）袁世凯临死前，他指认黎元洪继任总统，段祺瑞继任总理，而黎元洪没有什么实力，段祺瑞完全可以把总统的位置拿下，但他并没有选择这样做，因为除了他的皖系外，冯国璋的直系完全有实力与他抗衡，如果吃相太难看未免会遭到多方讨伐，如滇系的唐继尧、桂系的陆荣延、山西的阎锡山和西北的冯玉祥等，便接受了这个安排。
其实对于段祺瑞来说，接受这个安排是明智的选择，虽然名义上来说黎元洪这个总统比他大，但他当了总理后就力推内阁制，也就是民国刚建立的时候《临时约法》所安排的政治格局，总理说了算，只有少数事情需要总统签章，实权还是掌握在段祺瑞的手中。
刚开始的时候段祺瑞和黎元洪合作的还不错，段祺瑞抓实权，黎元洪就抓了些“无关紧要”的事情，比如教育、文化之类的。但到后来段祺瑞就完全不把黎元洪放在眼里了，很多国家大事不跟黎元洪打商量就做了决定，遇到有些事情一定要黎元洪这个总统盖章的时候才派手下徐树铮去找黎元洪盖章。而徐树铮也是个比较跋扈的人，对黎元洪趾高气昂，有时候黎元洪对一些文件表示了质疑，徐树铮便说“要你盖你就盖，还废什么话？”虽然黎元洪很善于装孙子，但有时候被欺负过头了，黎元洪也是气不过的。
▲受气总统黎元洪
后来两人就为了是否加入一战协约国集团而发生了激烈的冲突，段祺瑞得到了日本方面的支持，主张加入协约国集团对德宣战。而黎元洪则得到了美国的支持，由于美国对是否加入一战一直态度暧昧（直到一战最后一年的1918年美国才加入一战），因此反对加入协约国集团，两人为这个问题越吵越凶，是为“府院之争”。最后黎元洪以总统的身份罢免了段祺瑞国务总理兼陆军总长的职务，段祺瑞一气之下便去了天津度假，留下黎元洪一个光杆总统待在北京自生自灭。
要知道段祺瑞手上是有军队的，可黎元洪手上没有一兵一卒，没了段祺瑞，北京就是一座空城。这个时候张勋便带领了他的5000“辫子军”进京，上演了一出复辟的闹剧，黎元洪被逼出走，段祺瑞则在天津组织“讨逆军”进京击败了张勋，“再造”了共和。
冯国璋总统时期（1917年8月-1918年10月）段祺瑞率军进京赶走了张勋后，黎元洪也不好意思再当总统了，他知道自己没实力，就是当个总统也是个受气总统，便邀请冯国璋进京接替他的总统位置。这个时候冯国璋的势力主要在江苏，在当时北洋军阀内部来说，是唯一能与段祺瑞的皖系相抗衡的势力。对于冯国璋来说，进京当总统虽然会离开他的地盘，但自己熬到了59岁，也终于能从一方诸侯一跃成为执掌中央的总统，此生无憾，便欣然接受了黎元洪的邀请，到北京当了总统。
对于段祺瑞来说，这也是一桩好事，因为冯国璋拥兵自重独霸长江流域，段祺瑞还真拿他没办法，而冯国璋一旦入京，那就容易对付了，所以在权衡利弊后，段祺瑞也同意冯国璋进京担任总统。
虽然说段祺瑞和冯国璋是多年的战友兼老友，但在利益面前也一点都不含糊。段祺瑞赶走了张勋后，又从日本人哪里得到了西原大借款，实力膨胀了不少，有了武力统一全国的想法。
此时孙中山在广州成立了南方革命政府，发动了护法运动，向北洋政府宣战。段祺瑞便乘此机会将势力延伸到了湖南，这下其他的几个军阀就坐卧不安了，因为他们都感受到了直接的威胁：冯国璋的湖北、江西，桂系的广西、滇系的贵州等等，于是滇系和桂系直接支持孙中山发动护法运动，在湖南跟段祺瑞干了起来。段祺瑞派出了三万精锐进驻湖南，却先胜后败，被绝对优势的护法联军击败。这期间冯国璋的直系虽然也作为北洋军参战，但也只是磨洋工，做做样子而已。
▲段祺瑞与冯国璋，两人是多年的老友兼战友，此时成了政治仇敌
随着段祺瑞和冯国璋之间矛盾越来越深，北洋有内部分裂的可能，幸好这个时候有徐世昌和王士珍出来调停，暂时化解了两人的矛盾，段、冯二人便决心一起武力统一中国。很快皖直联军又一次拿下了湖南，这一战直系的吴佩孚表现最为出色，多次击败数倍于自己的护法联军。到了这个时候形势本来对皖系是一片大好，但段祺瑞又犯了糊涂，任人唯亲。按道理来说在湖南的战斗中最为出色的是吴佩孚，可段祺瑞却把湖南督军的位置给了自己的手下张敬尧，这下引起了直系的强烈不满，便表示不再为皖系卖命了，由此皖系进入了第三个时期，徐世昌任总统时期。
徐世昌总统时期（1918年10月-1920年7月）徐世昌担任总统，是各方势力相互妥协的结果。一方面直皖两系的斗争日趋激烈，谁也不让谁，另一方面徐世昌不但与直系和皖系之间的关系都很好，深得段祺瑞和冯国璋的信任，与其他各地军阀之间的关系也非常不错，是当时的最大公约数，也就顺理成章地接替冯国璋成为了新一任的总统。
▲徐世昌担任总统是各方势力妥协的结果
从1918年10月徐世昌担任总统直到1920年7月直皖战争开始之前，整个国家的政治并不太平。这一时期南方孙中山的革命政府逐步形成气候，开始牢牢占据广东，不过北洋并没有重视这个时候的孙中山。
而到了1919年12月，随着冯国璋的去世，直系和皖系之间的火拼就变得不可避免了。冯国璋在世的时候，虽然跟段祺瑞之间的矛盾很深，但好歹两人之间有多年的交情，还不至于会闹到火拼的地步。但是随着冯国璋的离世，直系的掌门由曹锟接任，他跟直系最得力的干将吴佩孚都是吃不得亏的人，偏偏皖系掌门的段祺瑞和核心人员徐树铮也是极为强势的人物，这还能不闹翻？
护法战争结束后吴佩孚已率军在湖南驻扎了两年，他的士兵都是北方人，吴佩孚在湖南待的也不耐烦了，想回北方，可段祺瑞却一直没批准。到最后吴佩孚干脆就不鸟皖系代表的北洋政府，独自带着军队回到了北方，公然违抗了段祺瑞的命令，直系和皖系就此公开翻脸，由此引发了直皖战争。
在直皖战争爆发之前，皖系还彻底得罪了奉系，徐树铮出于私仇，曾经在北京以“吃大餐叙旧情”的名义摆下鸿门宴邀请张作霖，而张作霖嗅到了危险提前开溜，就此皖系与奉系闹翻，很快直系和奉系就因为共同的对手走到了一起。
这个时候的段祺瑞并没有意识到情况不对，他对自己的实力非常自信，觉得反正迟早要“武力统一中国”，这下正好可以把直系和奉系一块收拾掉。
很快直系的曹锟和吴佩孚就组织起了“讨逆军”，以段祺瑞、徐树铮卖国的名义“为民族、和平”而战，直系的起兵也得到了奉系的响应，通电全国表示将出兵协助“讨逆军”。段祺瑞、徐树铮也不甘示弱，表示吴佩孚勾结南方背叛中央，组织起了"护国军”，双方正式开打。
▲直系头号战将吴佩孚，相对来说皖系缺乏能征善战的大将
直皖战争真正开打只有4天，从1920年7月14日到7月18日就结束了，地点在河北涿州及高碑店一带。
直系三路出击，西路吴佩孚、中路王承斌、东路曹锳，总兵力5万人。皖系的对阵也十分工整，西路段芝贵、中路陈文运、东路徐树铮，总兵力6万人。头两天的战事只是试探性的攻防，双方各有胜负。
到了第三天就开始真刀真枪地打了，西路的吴佩孚诱敌深入，段芝贵脑子一热就钻入了吴佩孚的圈套，在松林店遭遇吴佩孚的埋伏全军覆没；中路的陈文运被王承斌的炮火打成重伤，在卫兵的护送下脱离了战场，失去了主帅的皖系中路军很快就被直系全歼。
到了18日张作霖也率军来到了涿州一带，在直系胜局已定的情况下加入直系一起胖揍了皖系，这个时候的皖系部队只剩下了徐树铮一路，接下来的战斗自然也就是一边倒了，徐树铮部很快就被直系和奉系的绝对优势军力打得溃不成军，直皖战争就此结束，皖系惨败。
军事上的失败导致了段祺瑞的直接下台，19日段祺瑞命令前线士兵放下武器投降，然后辞去了所有职务后，跑到天津做了寓公，从此不问世事，皖系就此没落。
总结：
袁世凯死后，皖系因占据了天时和地利而快速崛起，但由于皖系的掌门人段祺瑞和核心成员徐树铮都是极为强势的人物，不太懂得权衡，这是皖系失败的根本原因。弱势的黎元洪总统时期，本来可以“挟天子以令诸侯”的段祺瑞没能充分利用好这一政治优势，对黎元洪咄咄逼人的态度引发了“府院之争”，黎元洪最终不得不找了个强势的冯国璋代替自己当了总统。
冯国璋任总统时期，段祺瑞只顾着自己"武力统一中国”，虽然也拉着直系一起干，但打仗的时候是拉着直系一起打，有了好处全往自己兜里搂，引起了直系的强烈不满。冯国璋死后，徐世昌任总统时期，又跟奉系闹翻，大战前又增加了一个强劲的对手。
▲直皖大战后的段祺瑞从此失去了一切权力，安心当了名寓公
当然，导致皖系失败的直接原因还是为期4天的直皖大战，张作霖虽然最后加入了直系，但也是在直系胜局已定的情况下做出的这个决定。如果当时胜局已定的是皖系，张作霖很可能就加入皖系去打直系了。
但不管怎么说，败了就是败了，北洋时期的混战往往就是如此，一场决定性的大战就会改变政治格局，直皖大战是如此，后来的两次直奉战争也是如此，赢了就胜者为王，输了就败者为寇，或许这就是北洋时期的特点吧。
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