段祺瑞的皖系军阀似乎没有想象中的那么强大，与直系军阀的对战中，段祺瑞的皖系军阀似乎力不从心，仅仅五天时间就战败了。而东北的张作霖似乎另有所图，率领奉系军阀攻打直系军阀，最终战胜。这一招并不是在救段祺瑞，而是有自己的算盘，后来张作霖和冯玉祥等人让段祺瑞去北京做临时执政，表面上是在拥护段祺瑞，实际上是想把段祺瑞作为两人的傀儡，张作霖也想巩固在东北的地位。段祺瑞其实也知道自己的大势已去，但最终还是接受了二人的建议，去了北京。
做傀儡的日子是不好受的，他知道随着国内局势的变化，自己很快就会下台，殊不知就在1926年，在"三一八"惨案中，段祺瑞下台了，这次下台带着一些污点。段祺瑞似乎也没有想到自己会以这样的方式告别为之奋斗了几十年的北洋政府。下台之后的段祺瑞似乎看透了一切，从此对于政事一概不管，他信奉佛教，下台之后去了天津，每天吃斋念佛，没事的时候就看看书，写写字。在段祺瑞看来，之前的一些无论胜败都是过眼云烟罢了，从这场纷争中退出来，也许就是最大的自在。
段祺瑞的晚年生活十分的贫寒，下野之后，段祺瑞家中开支比较大，以前段祺瑞从来不管，如今只好削减开支，生活上的清贫并不会让段祺瑞感到担忧，因为他从小就是过苦日子长大的，如今国内不安定，最受伤害的还是万千百姓。段祺瑞削减了下人，而之前的段公馆的规模很大，毕竟做过北洋政府的总理，现在公馆的规模也变小了，下人也没留下几个。这样的日子持续没多久，九一八事变爆发了。
日军占领了东北之后，下一步又想打华北的主意，日军一直想扶持一个傀儡，段祺瑞是首要对象。虽然现在的段祺瑞大势已去，但是在国内，人们还是很敬重他的，只要段祺瑞愿意做傀儡，日军便可以在华北这片土地上为非作歹。面对日本人的多次劝说，段祺瑞都坚决反对，为了能让段祺瑞屈服，日军也想出很多办法，甚至找段祺瑞之前比较信任的部下去游说，可是无论日军用什么样的办法，段祺瑞都不答应。他甚至公开表明这种汉奸行为他是不会做的，这样的行为是不耻的。
北方之地不可久留，段祺瑞便和家人一起去了南方，这次南下注定意义不凡。段祺瑞要南下，当时的国民政府自然不敢怠慢，段祺瑞首先去了南京，祭拜了中山陵，这样的举动是难能可贵的。段祺瑞当时年事已高，去南京祭拜中山陵也是向外界传递一个信息那就是要支持南京当局。本以为段祺瑞信奉佛教，为的是躲避俗世，可是在家国有难的时候，他依旧牵挂着国家，在段祺瑞的眼中，日本人是不会得逞的。段祺瑞不顾日本人的威逼利诱，最终没有做日本人的傀儡，这样的民族气节是值得称赞的。
段祺瑞去南京时，南京当局十分重视，很多有地位的将领都去迎接，祭拜过中山陵之后，段祺瑞没有留在南京，而是去了上海，在上海，南京当局为段祺瑞安排到一处公馆住下，这座承载着历史记忆的盛氏家宅成为他最后的栖居之地。这座老宅之前是当地的一位富商修建的，规模不小，用这样的宅子给段祺瑞一家住下，也表现出南京当局对于段祺瑞的照顾。晚年的段祺瑞已经没有什么收入了，所以日子比较清贫，考虑到这一点，南京当局每个月会给段祺瑞两万大洋作为生活费。说实话，在战争年代里，每个月两万大洋已经不少了，不过段祺瑞每月两万大洋并不是都作为生活费，他会将大部分的钱汇给当年追随自己的部下以及好友，段祺瑞很念旧，这一点就可以看出来。
1936年10月，段祺瑞因为胃部疾病医治无效去世，享年七十二岁，他去世之后，日本人烧掉了他在北京的宅子，把很多珍贵资料都烧了，宅子里面的家产也低价变卖。而段祺瑞留下的遗嘱一时间传遍国内，在遗嘱中他叮嘱国内中华儿女要全心全力抵抗日本的侵略，建设家园，巩固好国防。而死后因为墓地问题一直没解决，最后被埋在北京西郊，在那个动荡的年代里，北洋政府中赫赫有名的段祺瑞走完了一生，在晚年他积极抗日，受到了国人的赞扬。
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