两者之间，没有太大的关系。资本主义萌芽的发展，是各种因素共同推动的结果，与满清政权入不入关，关系不是很大。
满清入关后，客观上加大了社会动乱的程度，以及所持续的时间。由此导致经济发展陷入了停滞，直接影响了资本主义萌芽的正常发展。随后，“文字狱”肆无忌惮、皇权“专制主义”变本加厉，严重阻碍了资本主义萌芽的发展，使其走上了慢慢长征路，举步维艰。
反之，倘若满清没有入关，会不会有所改变呢？答案亦是否定的。因为明朝的内乱依然存在，且绝不是一朝一夕所能结束的。社会环境的动荡，深刻影响着资本主义萌芽的进一步发展。或许在动乱结束后，资本主义萌芽会获得长足的发展也说不定，但那毕竟是不存在的历史，只能臆想了。
所以说，满清入不入关都改变不了所面临的共同困扰，那就是没有稳定的社会环境，亦不满足发展资本主义萌芽的基本条件。如此，资本主义萌芽的发展注定是缓慢而曲折的。资本主义萌芽的发展，不只需要一个稳定的社会环境，更需要一个强有力的内部驱动力。那就是资本主义萌芽的发展，需要各种土壤来让其生根发芽，继而不断的茁壮成长。这是作为一种新型生产关系，所需要的基本条件，也就是内部驱动力。如满足“社会经济条件发展到一定程度、封建束缚开始松弛，以及专制主义和意识形态不在僵化”等等条件，资本主义萌芽发展才能畅通无阻，一骑绝尘。可惜，这些基本条件都不具备，资本主义萌芽发展等于失去了内部驱动力。缓慢而曲折的发展，也成了明后期以后资本主义萌芽发展的基本态势。
资本主义萌芽的发展，总是分阶段进行的。其在社会经济发展到一定条件时所产生的，又在社会经济不断发展的过程中汲取营养获得进步。宋朝，社会经济发展达到了封建社会的顶峰，资本主义萌芽的发展开始进入到了准备阶段。明朝后期，社会经济发展到了一定的程度，资本主义萌芽正式产生阶段。随后，遭遇重大挫折，导致一蹶不振，开始了缓慢而曲折的发展。直到鸦片战争后，才得以突飞猛进，进入到了一个崭新的阶段。
总之，资本主义萌芽的发展是缓慢而曲折的，这是由它所处的社会条件所决定的。同时，它更需要各种社会条件的推动，进而实现他的发展，与改朝换代的关系不大。
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