众所周知，大约二百五十八万年前，南方古猿进化为人，大地进入第四纪，之后，人类的进化，先后经历能人、直立人、早期智人、晚期智人四大阶段。
根据基因人类学以及化石证据链，可以知道，直立人、早期智人两次走出非洲，都灭绝了，然后，五六万年前，非洲的一支人类进化为晚期智人，第三次、第四次、第五次走出非洲，走向周围各大洲。晚期智人，比之于以前走出非洲的其他种类的人，智力更高一些，工具更先进一些，因此，他们成功在新家园存活了下来，并且不断发展壮大，发展到现在七十亿人的庞大规模。
大约四万年前，当时还是冰期，海面很低，加大版的东亚大陆，包括澳大利亚、日本在内，棕种人得以走陆路来到今澳大利亚一带。
大约三万年前，亚洲矮黑人走陆路来到今日本一带，后来，形成了绳文人。
冰期，加大版大陆，包括欧亚、日本、澳大利亚、北美、南美
第四纪分为更新世、全新世，大约一万两千年前，冰期结束，海面上升，大地发生剧变，进入全新世，日本从东亚大陆分离出来，形成列岛。
公元前三世纪到公元三世纪，被秦灭国的齐国余部、被西晋灭国的东吴余部，还有一些南岛民族，渡海来到日本，形成了弥生人。
弥生人给日本带去了先进文化，使得日本走出了原始部落状态。
绳文人、弥生人混合，形成了日本的大和民族。
因为有亚洲矮黑人的血缘，因此，日本人长期以来个子很低，直到二战以后，营养大为改善，日本青少年的身高这才突飞猛进，赶了上来。
公元四世纪，在本州岛出现日本首个统一政权倭国，倭国之名，得名于他们是矮子。
在此之前，日本一直诸国林立，各国首领称王，倭国实现初步统一，其首领成为同盟盟主之后，升级为大王。
倭国最早的王，即，神武王，据说出现于公元前660年，其实就是当时的部落酋长，说是天照大神的后裔，以神武王开始，万世一系，一直传到现在，当前的令和天皇德仁，为日本第一百二十六任君主。
日本第二十六任君主，继体大王，450到531，活了八十二岁，出生于越前国，507年即位，在位二十四年，在位期间，512年，将日本在朝鲜半岛的任那四县，割让给百济，以交换百济送来的五经博士。522年前后，南梁人，传来佛教。
继体大王有五个儿子，其中三个先后为大王，其中，第三子为钦明大王，他有四子一女，四子先后为大王，其中，长子为敏达大王。
敏达大王的孙子为舒明大王。
舒明大王，其后的日本君主，皆其后裔，他有三子一女。
三子为古人大兄王子，天智大王（中大兄王子）、天武大王（大海人王子）。
中大兄王子生于626年，于645年（大化元年），与中臣镰足，讨平权臣苏我氏，先后支持其堂兄即位为孝德大王，其母为齐明大王，他则成为王太子，实行大化改新。
孝德大王即位后，迁都难波京（今大阪市），建元大化，此年号意为“伟大的变化”，这是日本历史上首个年号。
大化改新的内容是——
效法隋唐之均田制，行班田收授法：废除豪族对土地与部民的私有权，并将其收为国有。政府计口授田，凡六岁以上之国民，每六年按人口班给田地（称“口分田”）。所班田地不得买卖，去世后归还政府。
效法唐朝租庸调制：受田农民须向国家上缴谷物（此为“租”），服劳役或纳布代役（此为“庸”），上贡地方土特产（此为“调”）。
中央设二官八省一台：神祇官、太政官，以及中务、式部、治部、民部、兵部、刑部、大藏、宫内等八省，还有弹正台；一般地方，设国、郡、里。
兵制：首都置五卫府，国民需服兵役。
大化改新之后，日本逐渐变为中央集权国家。
孝德、齐明两朝，中大兄王子为权臣，他依百济之请，派援军支援，但在白川江之战，被唐-新罗联军打得大败，狼狈不堪，此后，痛定思痛，派出遣唐使，向唐学习先进文化。
668年，中大兄即位为天智大王。669年，赐姓功臣中臣镰足为藤原，形成藤原氏。
中大兄王子，得到其弟大海人王子的帮助甚大，因此封大海人王子为王太弟，但难以避免政权斗争与猜忌，与大海人王子逐渐疏远。
672年，天智大王去世，其弟大海人王子继位，是为天武天皇。
天武天皇
天武天皇，631到686，活了五十五岁，在位十五年，日本第四十任君主，他将王国级的倭国升级为日本帝国，君主称号由大王升级为天皇，他是日本首位天皇。
天武天皇，受到同时期自称天皇的唐高宗所影响，又因崇尚中国道教的北斗信仰，遂由大王升级为天皇。其后，日本还曾有“天皇”和“皇帝”称号并用的情况。
明治元年（1868年）后，对外交往频繁，日本致外国首脑信件、国际条约批准书、宣战诏书，均按国际惯例，使用皇帝称号。1936年以后，对外就完全使用天皇称号，而中国称日本皇帝为天皇，则始于满清后期的同治时期。
天武天皇是舒明大王第三子，天智大王的胞弟，他积极参加了大化改新，但兄弟之间因皇位继嗣问题，产生矛盾。天智大王去世后，其长子继位，是为弘文大王，大海人王子遂避难于吉野，之后，发生了壬申之乱，大海人王子以东国为基地，在内战中取胜，弘文大王自缢身亡，大海人王子继位于飞鸟京的净御原宫。
天武天皇在位期间，制定了《飞鸟浄御原令》，修纂国史，颁布了爵位六十等级，形成律令体制，加强了天皇皇室权力的制度化，并实施了以诸皇子为中心的皇亲政治。
天武天皇，其汉风谥号为“天武”，他崇奉中国道教，其和风谥号为“天渟中原瀛真人”，其君主称号由大王改称天皇，也是受道教影响。
天武天皇，十子七女，其孙子辈，先后出了三位天皇。
天智天皇（中大兄王子）的曾孙，桓武天皇，日本第五十任君主，皇位最终回到这一系。
桓武天皇，737到806，活了七十岁，781年即位，在位二十五年。
桓武天皇
其父光仁天皇，其母高野新笠，来自百济，桓武天皇为嫡长子，被封为山部亲王，于773年被立为皇太子，781年，光仁天皇因病禅位。
因为有大陆血缘，桓武天皇与一般个子矮小的日本人不同，他身材高大，达一米七五，须知，后世德川家康部下号称日本第一大将的本多忠胜，身高一米四，那时的日本成年人，身高多为一米二、一米三、一米四、一米五。
1998年，时任韩国总统金大中访日期间，天皇明仁在欢迎晚宴中，与金大中谈及建都京都的桓武天皇的母亲是百济人，提及日本皇室与朝鲜之间的血缘关系。
2001年12月18日，天皇明仁，在他六十八岁生日前的记者会上，提及日本皇室与朝鲜半岛之间的关系，他声明，按《续日本纪》的记载，其祖先桓武天皇的生母为百济王国武宁王的后裔。
桓武天皇即位后，立同母弟早良亲王为皇太子。784年，听权臣藤原种继的建议，迁都长冈京。次年，杀藤原种继，废早良亲王，立自己的儿子安殿亲王为皇太子。
794年，迁都平安京，以多贺城为据点，远征虾夷（今北海道），置镇守府于本州岛北部的胆泽，令各国制造甲胄、武器，同时促进地方手工业发展。
804年，派藤原葛野麻吕为遣唐使，僧侣最澄、空海等同行。
空海在长安，驻于青龙寺，向惠果学习唐密，之后，空海将佛教密宗带回日本，形成东密，现在西安南二环一带的青龙寺，遂成为东密的祖庭。
西安青龙寺
佛教密宗，包括汉密、藏密、唐密、东密等各大支派。
中国史书《新唐书·东夷列传》，曾提及桓武天皇。
其后的天皇，皆桓武天皇的后裔。
自十九世纪明治天皇开始，实行“一世一元制”，即，一个天皇，一个年号，自此，日本皇帝，年号、谥号，合为一体，如，天皇裕仁，生前，年号为昭和，去世后，谥号为昭和，人称昭和天皇。
神道教是日本本土宗教，佛教是外来宗教，两教都有很多信众，因此，神社与寺院，长期并存。在神道信仰的传统中，天皇被认为是天照大神的后裔，故具有“神性”，因此，天皇与其皇室，在日本古代被认为是超乎普通人的存在，天皇被神格化尊为“现人神”，意为以人的形态存在于现世的神，因此时至今日都没有姓氏，历史学研究上称其为天皇氏或天皇家。天皇为神道教的最高祭司。二战后，驻日盟军总司令麦克阿瑟，命令昭和天皇发表《人间宣言》，宣布天皇不再具备神性，回归为普通人。
通常现任天皇被称为“今上天皇”，敬称“陛下”；退位后的天皇尊为“太上天皇”（简称上皇）；若其退位后出家则尊为“太上法皇”（简称法皇）。天皇明仁于2019年禅位时，不采用“太上天皇”尊号，直接尊号为“上皇”，以免“太上皇”干政之嫌。
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