先说一个，《吕氏春秋》怎么可能记录秦始皇帝是吕不韦的儿子？这是绝对没有的事。
《吕氏春秋》是秦相邦吕不韦的门客编纂。全书共分为十二纪、八览、六论，二十六卷，一百六十篇，二十万字，内容庞杂，主体思想基本上以黄老之术为宗,并取各家之长而弃其短,以成一家之言，书成之后吕不韦也颇为满意：
"以为备天地万物古今之事，号曰《吕氏春秋》。布咸阳市门，悬千金其上，延诸侯游士宾客有能增损一字者予千金。"
但是，书中没有一处说过秦始皇帝(也就是当时的秦王政)是当时的相邦文信侯吕不韦的儿子。
秦王政，也就是日后的秦始皇帝。活着时被称为“祖龙”(类似于清朝旗人称皇帝为“老佛爷”)。死后又被称为赵政、嬴政、吕政。
第一次出现“秦始皇帝为吕不韦之子”是源自于《史记》的一条记载。司马迁在《秦始皇本纪》和《吕不韦列传》，都明确说了始皇帝的母亲帝太后曾经是吕不韦的女朋友，而且之后两人日后还旧情复燃了。但是，在秦始皇帝的身世问题上，司马迁处理的还是相当客观的。
先是在《秦始皇本纪》中很明确的说出了秦始皇帝的父亲就是秦庄襄王。之后才在《吕不韦列传》中用了语焉不详的手法记载了秦始皇帝实际上是吕不韦之子的传说。(至于为何司马迁会记载这个很“低俗”的传说和这种传说因何而起，就麻烦感兴趣的老铁们去看一下我之前回答《为什么史记上记载秦始皇是吕不韦的儿子呢？你怎么看？》)
日本昭和三十七年(1962A.D.)大映株式会社出品：《秦始皇帝》——图中为秦始皇帝得知自己为吕不韦之子后的幻灭。
帝太后及文信侯吕不韦。
在邯郸为质的秦庄襄王在要求吕不韦把女朋友(日后帝太后)让给自己。这一段拍的很好，显示出了吕不韦即使是作为恩人，在那个阶层固化的社会也只能谦卑的对待自己的“投资对象”。
之后暴秦虽灭，但大一统之势却以形成。长期以来的“祖龙魂死业犹在”，导致在前汉时期由于秦政的死而不僵和《史记》的流传范围有限，所以当时关于秦始皇为吕不韦之子的说法也就没有占据主流。而到了王莽垮台，光武中兴之后，猖獗三百年的秦政终于江河日下，而同时《史记》的流传范围也越来越广，其中那些虽然有争议但却趣味盎然的内容自然就逐渐的被世人视为历史“常识”。
所以在班固修《汉书》就直接称呼秦始皇帝为“吕政”。而到了司马光修《资治通鉴》时，在历史文献“累层造成”的权威性之下，司马光也就不得不将这段不可思议的历史写进了《资治通鉴》之中，并成为定论。从此关于“秦始皇帝身世之谜”的讨论也由单纯的历史八卦升级为对待独夫民贼的轻蔑和诅咒，直到近代，比如曾朴《孽海花》中的开篇就写到：
“因是一般国民，没有一个不是奄奄一息，偷生苟活。因是养成一种崇拜强权、献媚异族的性格，传下来一种什么运命，什么因果的迷信。因是那一种帝王，暴也暴到吕政、奥古士都、成吉思汗、路易十四的地位……”
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