光绪辛巳年(1881年)三月十日晨，恭亲王奕䜣、大学士左宗棠、尚书王文诏、大学士李鸿章在进见慈安太后时，见她面色红润毫无病色。可是等到午后四时左右，就由宫中传出噩耗，说慈安太后归天了。当亲王、军机大臣们入宫后，只见慈禧面带泪痕正在慈安太后宫中指挥侍从给慈安太后入殓呢。
按清制，后妃病逝需要由近支亲王和军机人臣检视医方药剂，眼下慈安之死既没有传太医也没有方药剂。清制又规定入殓前，宫廷须告之娘家亲人方能入殓，然而慈安去世后并未告之娘家人就急忙入了殓。因此宫廷内外均传说慈安太后其实是死于慈禧之手。
至于慈安太后是否真是死于慈禧之手暂且不论。然而慈禧怨恨慈安确有其事。除了以前文章中写到的慈安太后默许恭亲王奕䜣杀掉慈禧宫中为非作歹的太监安德海，以及在同治选后上，慈安支持崇绮女儿入选这两件事外，还有两件事使慈禧深怨慈安太后。
第一件事：咸丰宠幸慈禧时，慈安教训过慈禧。
早在咸丰在世之时，由于咸丰宠幸懿贵妃(那拉氏未封为慈禧后时的名号)而荒于政务，有时数日而不临朝。按清代祖制，凡皇上夜宿某妃嫔处都有专册记载，并报告皇后，皇后有权过问，并对诱使皇上纵欲而荒于政务的妃嫔可行使杖斥。太监也可代皇后于皇上所宿妃嫔寝室之外宣读祖训。凡遇此种情况，皇帝必要披衣而起，跪听祖训，然后临朝理政。
一日，慈安后见咸丰皇帝已多日不临朝了，便头顶祖训跪在宫门口，命太监请皇帝听祖训。咸丰在懿贵妃处听传祖训为之一惊，光着脚就跑出了寝殿，急忙说：“别念了!别念了!我这就临朝。”于是他便匆匆地临朝去了。咸丰迫于祖训而登殿，登殿后忽而想到，皇后还有杖斥之权，这下子懿贵妃很可能要挨打。于是他便草草地处理了一下政务，起驾而回宫了。
咸丰来到后宫忙问皇后去处，左右侍从告诉他皇后在坤宁宫中。原来这坤宁宫中专有皇后行使赏罚妃嫔之所。咸丰赶到，见慈安后端坐殿中，一面教训懿贵妃，一面正要命人杖打她。咸丰见状便大声喊道：“别打!别打!她有孕了。”慈安后得知慈禧有孕，马上下座向咸丰赔礼。于是懿贵妃这顿杖才得以幸免。然而慈禧怨恨慈安的种子从此便种了下来。
第二件事：同治帝死后的继位之争。
同治甲戌年，同治帝因贪声色致疾而夭折。同治皇后虽然有了身孕，但眼下无人继大统，于是慈安与慈禧太后及王公大臣、宗室等会议于养心殿决定继统事宜。
会议一开始，慈禧首先发言，她说皇后虽然有孕，但不知何日生，皇位不能空着，宜从速解决立君之事。恭王奕䜣建议说，皇后产期不会太久，皇帝应当暂时不发丧。如皇后生皇子，自当继位。如生女再议立新君不晚。慈禧当即反驳说，不能这样做。现今南方尚不安定，朝中一日无主，则国人一日心神不定，军机大臣皆随声附和。于是慈安太后便发表自己的意见说，依自己之意恭王之子可以承袭大统。恭王奕䜣听后马上叩头谢绝。
这时慈禧一言不发，接着慈安又说，如恭王不愿可依承袭次序立溥伦。这时在场的溥伦之父载淇赶忙叩头连声说不敢承命，不敢承命。沉默片刻之后，慈禧开了腔，她说既然两人之父均不愿承命，那么依我之意以立奕譞之子载湉(慈禧妹妹之子)为宜。这时慈安太后不好再开口了，唯独恭王怒冲冲地说，立君应立长这事不可废。慈禧马上接着说，此事宜速决定不可再拖，若意见不一，可用投名法决定。这投名法与今选举相似。投名结果赞成博伦继统的一人，恭王子的三人，其他所有的人都赞成了慈禧的提名，由奕譞之子载湉继位大统。
这场貌似公允的立君会议就这样结束了。实际上在这次会议之前，慈禧早就有了准备，已暗暗和与参会的王公、宗室及军机密谋过。因此投名时，人选才如此集中，通过此次立君之事，慈禧更加怨恨慈安太后了。
