与明朝都城位置的变迁有关。
因为按照古代的习俗，皇帝陵墓一般都建于都城附近，这样不仅便于后世嗣帝拜谒祖先陵寝，而且也便于对陵寝的管理和保卫。朱元璋创建明朝后于洪武八年（1375年)定都南京（时称“京师”)。所以，他的陵墓——孝陵也建在了南京城附近的钟山脚下。明朝第三帝成祖朱棣是朱元璋的第四子，被封燕王，镇守北平（即北京）。
太祖朱元璋去世后，因皇太子朱标早逝，遂由皇太孙朱允坟继承皇位，是为建文帝。朱允坟为防止诸王拥兵篡位，采纳兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄的意见，采取削藩措施。
从洪武三十一年（1398年）八月到建文元年（1399年）六月不到一年的时间里，先后有周、湘、齐、代、岷五位亲王的爵位被削除。朱棣见削藩就要轮到自己头上，便以朱元璋所定祖训中有“朝无正臣，内有奸道，必举兵诛讨，以清君侧”为由，指齐泰、黄子澄为奸臣，打起 “靖难”（意思是为皇帝解除危难）旗帜，举兵南下。
经过4年的激战，朱棣打败了建文帝，在南京称帝。由于朱棣是篡权得帝，其骨肉相残的行径有悖于封建正统思想和伦理道德观念，尽管他找了许多冠冕堂皇的理由为自己辩解，但“得罪于天地祖宗”的不安心理使他在南京的皇宫中生活总有一种难以解脱的心理压力。
再加上建文帝的一些旧臣心里还在怀念建文帝，甚至想刺杀朱棣，为建文帝报仇，因此朱棣即位后就有迁都北京（原称北平，永乐元年正月朱棣下诏升北平为北京）的想法。
因为北京曾是朱棣做燕王时的封地，以自己的“龙兴之地”为都，不仅可因远离南京而减轻心理压力，还可以利用北京的“王气”为自己的称帝找到有利的依据。这是朱棣想迁都北京的政治原因。
另一方面，就军事形势而言，元朝蒙古贵族的残余势力最早在明太祖朱元璋在位时即退居漠北，但仍有相当的军事实力，且不时南下侵扰，严重地影响着明朝北部地区的安定。
由于朱棣称帝时明朝的都城仍是在南京，而南京城地理位置偏处江左，去中原地区颇远，很难控制西北长城沿线的军事形势。但北京却有得天独厚的地理优势，它不仅是辽、金、元三朝古都。而且地理形势“左环沧海，右拥太行，内跨中原，外控朔漠”，如果以北京为都，则具有军事信息可速达京城，便于朝廷组织防御和出击等优势。
所以，永乐十九年（1421年），朱棣毅然将都城由南京迁到了北京。此后因终明之世北京一直是明朝的都城或中央政权所在地，明朝自成祖而后诸帝遂均葬在了北京的郊区。其中，景泰帝死后以王礼葬于京西金山，其余十三帝均葬在了京北天寿山陵区内。
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