在我们学的历史上，以及司马迁《史记》中的记载，胡亥并不是秦始皇的法定继承人，秦始皇想立扶苏为太子，是胡亥和赵高合谋丞相李斯篡改了诏书，并杀死了扶苏，成为秦朝的第二任皇帝。
《史记·秦始皇本纪》对此是有比较详细的记载的：
七月丙寅，始皇崩于沙丘平台。丞相斯为上崩在外，恐诸公子及天下有变，乃秘之，不发丧。棺载辒凉车中，故幸宦者参乘，所至上食、百官奏事如故。宦者輙从辒凉车中可其奏事。独子胡亥、赵高及所幸宦者五六人知上死。赵高故尝教胡亥书及狱律令法事，胡亥私幸之。高乃与公子胡亥、丞相斯阴谋破去始皇所封书赐公子扶苏者，而更诈为丞相斯受始皇遗诏沙丘，立子胡亥为太子。更为书赐公子扶苏、蒙恬，数以罪，其赐死。
从这段记载中清楚的知道胡亥和李斯、赵高是怎么合谋修篡改诏书赐死扶苏和蒙恬的，详细的仿佛当时司马迁目睹了整个过程一样，但是由于文物或者史料的佐证，所以我们现在是选择相信司马迁的，毕竟司马迁为了写《史记》付出了很多，而且以司马迁严谨的态度，也是搜集了当时有的材料，不过司马迁毕竟与秦始皇时期差了上百年，有错误的信息也是在所难免的。
当然，历史史实也不是一成不变的，随着考古发现更多的文物和书籍记载资料，很多历史史实也会被推翻，就像胡亥有没有篡位一样，最近发现并整理的一些史料有了不同的说法。
2009年初北京大学接受社会捐赠，得到3300多枚西汉竹简，这些竹简随之被命名为“北京大学藏西汉竹书”。这其中有一篇《赵正书》说的就是秦始皇的事情，这个赵正并不是改了姓，而是古代有姓和氏，秦始皇嬴政是嬴姓，赵氏，名政（一说名“正”），又称赵政、祖龙等，所以《赵正书》说的就是秦始皇的故事。
《赵正书》中对秦始皇传位的记载是传位给胡亥，书中是这样记载的：
赵正流涕而谓斯曰：“吾非疑子也。子，吾忠臣也，其议所立。”丞相臣斯、御史臣去疾昧死顿首言曰：“今道远而诏期群臣，恐大臣之有谋，请立子胡亥为代后。”王曰：“可。”王死而胡亥立，即杀其兄扶苏、中尉（蒙）恬。大赦罪人，而免隶臣高以为郎中令。
《赵正书》也记载了秦始皇死亡和传位的过程，这里提出了与《史记》截然相反的说法，胡亥并非篡位，而是合法继承，当然这批书简也是孤证，而且这批书简的作者并不清楚，根据研究，这批书简大概成书于汉武帝中期，跟司马迁所在年代差不多，两个人所能查到的资料应该是差不多的。
而在湖南益阳兔子山遗址发掘出来的秦二世“即位文告”木牍，提到了秦始皇的“遗诏”：天下失始皇帝，皆遽恐悲哀甚。朕奉遗诏，今宗庙事及箸（著）以明至治大功德者具矣，律令当除定者毕矣。这似乎说明胡亥的确是奉诏即位，而不是篡位，但是由于这个即位文告是胡亥自己写的，所以不足以完全证明，即便如此，《赵正书》的出现对于历史也是好的，因为对于那么久远的历史，终于有了不同的声音。
有了这些史料，可以据此分析一下当时到底发生了什么，其实秦始皇传位这件事情有蹊跷的地方，其一就是丞相李斯为什么会跟赵高合谋拥立胡亥，对于李斯来说这并不是最优选择，无论李斯拥立谁，那都是大功，不会因为不拥立胡亥而地位不保。
其二就是秦始皇为什么带着胡亥而不是其他皇子，秦始皇至少有四个儿子，其他的都被胡亥杀死没有留下姓名，留下的姓名有四位，胡亥是最小的儿子，即使是胡亥想跟着去巡游主要要求跟着，也没那么简单，说明秦始皇是喜欢胡亥的，不然也不会让胡亥学习法律。
那就大胆推测一下当时的情况，秦始皇喜欢扶苏和胡亥，但是扶苏因为焚书坑儒触怒了秦始皇，因此秦始皇罚他去戍守边疆，是跟大将蒙恬一起，说明秦始皇是对扶苏寄予厚望的，同时秦始皇追求长生不老，因此对于继承人这件事情上并没有下定决心。
而秦始皇出去巡游，出于对胡亥的喜欢，因此答应了胡亥的请求，而当秦始皇病重的时候，应该是有遗诏的，因为没有在咸阳，而在身边的只有胡亥，所以决定传位给胡亥，并下达旨意让扶苏好好辅佐胡亥，这是当时情况下最优的选择，所以李斯才会愿意辅佐胡亥，那么诏书到底有没有改呢？
应该改了部分，改的是赐死扶苏这一点，因为胡亥已经是法定继承人，所以李斯不会冒着得罪新皇帝的险去阻止篡改，至于说为什么不是即位以后再赐死，是因为胡亥要到咸阳去即位，以免夜长梦多，毕竟扶苏掌握兵权，用秦始皇的名义要比胡亥的名义显得更正义一些。
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