不过在东晋的十一个皇帝中，倒数第三个皇帝、东晋孝武帝司马曜是个例外，也是东晋历史上皇权最大的皇帝。东晋孝武帝司马曜在位期间，东晋的朝廷大权罕见地被控制在皇帝和司马氏宗亲手中。那么东晋孝武帝司马曜为什么会成为东晋历史上权力最大的皇帝呢?
东晋政权本质上是士族门阀的联合体，只是单个士族门阀没有实力统治其他士族门阀，才推举司马皇族为联合体的;盟主”，即东晋皇帝。士族门阀的强大是东晋皇权不振和皇帝存在感 稀薄的根本原因，而晋孝武帝成为东晋权力最大的皇帝也是因为士族门阀的变化。
在晋孝武帝登基之前，东晋的士族门阀出现了一位在中国历史上都非常少见的权臣——桓温。桓温内修政理，外讨贼虏，剪除政敌，还于旧都，东晋进入了鼎盛时期。东晋皇帝基本沦为傀儡，其他士族也在桓温的压力下惶惶不可终日，而桓温则向着皇位稳步前进。
然而由于天不假年、北伐受挫和士族门阀的联合抵制，桓温在即将;加九锡(篡位必经程序)”的时候去世了，东晋皇帝和其他士族门阀大难不死。桓温虽然没能篡位成功，但他的统治对东晋产生了深远影响，东晋之后的各种大事件乃至南朝的建立都与桓温有关。
因为东晋是士族门阀联合体，所以桓温集权篡位的最大敌人不是姓司马的皇帝，而是其他士族门阀的;同行”。因此桓温对士族门阀的反对者毫不客气，诛杀殷浩、殷涓、庾倩、庾柔等人，显赫的颍川庾氏差点被灭族，连谢安当时也被吓得将在桓温面前称臣。
桓温还主持推行了东晋史上规模最大、贯彻最彻底的;庚戌土断”(;土断”的意思可见本鬼的前文《在东晋和南北朝前期非常重要的;土断”究竟是什么东西?》)，沉重打击了士族门阀的经济实力和社会控制力。桓温的;庚戌土断”为;淝水之战”的胜利奠定了经济基础。
经过桓温的打击，士族门阀的经济实力和社会控制力遭到重创，人才也出现了断档，后世有观点认为桓温是导致士族门阀走向衰落的关键人物之一。桓温打击士族门阀是为了让自己集权篡位，但因为死的不是时候，所以桓温打击士族门阀的成果全都留给了晋孝武帝。
晋孝武帝确实有一定的能力和手腕，在桓温打击士族门阀的成果上加强皇权，成为东晋历史上权力最大的皇帝。不过晋孝武帝并没有改变东晋士族门阀联合体的属性，再加上晋孝武帝和桓温一样死的不是时候，所以东晋士族门阀在孝武帝死后又重振了。
