一，乾隆帝抄没物品，闽浙总督露出马脚
乾隆四十七年初，乾隆帝观看原浙江巡抚、甘肃布政使王亶望的查抄家产，发现;呈览物件，大都不堪入目”，这与家财三百余万两的大贪官，很不协调，顿起疑心，感到其中大有问题。二月，布政使国栋至京陛见时，乾隆帝当面问其此事，国栋并未据实呈奏。
同年夏季，乾隆帝在热河时，布政使李封、升任安徽按察使之盐法道陈淮至热河陛见时，乾隆帝又亲自询问三人在办理查抄王亶望家产时有无情弊，三人;俱各隐匿不言”。乾隆帝更为怀疑，于七月命新任浙江布政使盛柱留心察访。
九月初十日，盛柱上奏查抄有弊，乾隆帝下了两道谕旨。第一道是派户部右侍郎福长安、刑部尚书喀尔阿为钦差大臣前往河南，名义上是会同大学士阿桂查看河工，实际上是去传达旨意，将升任河南按察使的原浙江粮道王站柱解职，押往浙江质对审问。第二道是命闽浙总督陈辉祖先清理此案。
乾隆此时对陈辉祖毫不怀疑，认为是其属员舞弊。谕旨说：;陈辉祖查抄王亶望物件一案，现疑有抽换抵兑之弊，已派福长安、喀宁阿往河南，将随同抄家之王站柱解往浙江。著传谕陈辉祖即同盛柱先行提交人证和文卷，将原册与呈送北京之物有何不符及抽换抵兑之处，逐一根究，无令水落石出。”
乾隆在谕旨中还表示，如果陈辉祖实心办差，将来也不追究他失察之罪，如果不尽心查办，或曲意回护，一经钦差查出，则必不宽宥。
不久，福长安等人抵达浙江尽心追查，奏折很快传到了京城。乾隆览后大惊，才感觉此案非同小可，并非仅系抄家人员营私舞弊，而与闽浙总督陈辉祖有关。九月十七日，乾隆下了四道谕旨。
第一道是谕命将陈革职拿问，并简述此案经过。第二道是以富勒浑不能很快到任，谕福长安署理总督巡抚，福长安未到之前，著王进泰暂行兼署。第三道是命阿桂往办此案。第四道将安徽按察使国栋革职，解赴浙江，交阿桂严审。
二，阿桂误信总督狡辩，乾隆帝驳斥明断疑案
谕旨下达不久，陈辉祖的奏折到京，他陈奏：在查抄王亶望家产时，;布政使国栋面禀商换，并言及金色低潮，恐解京转难适用，不如易换银两，较为实济，遂尔允行”。
显然，陈辉祖这是在狡辩，他将主要责任推给了国栋，自己仅是;允行”而已，不是主谋，又将此事粉饰为一无谬误，金色低潮，解京不便使用，因为以银易换。尽管陈辉祖骗过了阿桂，但他没有想到乾隆帝英明善断，识破了辩解之词。
乾隆四十七年九月二十二日，乾隆帝下达长谕，驳斥了陈辉祖的骗人之词。他从四个方面加以说明：
其一，陈辉祖既称金色低潮，恐解京转难适用，则便应将所有金子全部易换，何以解交内务府内又列金叶九两三钱，明系借此以为掩饰弥缝之地;
其二，陈辉祖称照价易换白银七万余两，而阿桂询问王站柱的口供内又言及王亶望有银二三万两，则此易金之银，;已有王亶望银少半在内，陈辉祖又将何辞抵饰乎”?
其三，陈辉祖称欲留此款为塘工之用，如果办理河塘，银不敷用，即当奏明请款，若欲私自为此变易，;已属非是”;
其四，此次陈折只言及易金之事，而于玉山子等件作何隐匿之处，并无一字提及，;是欺罔蒙混，更无疑义”。
为此，乾隆得出了这样的结论：他认为陈辉祖与国栋舞弊，分肥入己，还说陈辉祖系协办大学士陈大受之子，父子皆任总督，;世受国恩，最为深重，何至丧良无耻至于此极。王亶望所为，系明火执仗，而陈辉祖竟是小人之所为”。
此外，乾隆帝又批评了钦差福长安、阿桂等人办案不力，否定了他们的错误结论，断定陈辉祖的罪过是确凿无疑的。在乾隆帝的亲自过问之下，为查清陈辉祖等抽换王亶望入官财产的大案，奠定了基础，案件的审理也得以顺利进行。
三，陈辉祖认罪伏法
阿桂、福长安接到上谕后，知道自己犯了错误，立即遵旨加紧办案。乾隆四十七年十月二十九日，阿桂奏折到京。奏称：;经手的委员、官员、胥役等业已供认，究出缴库易金银两挪转掩饰及各情弊。”乾隆看后十分高兴，说：;此奏方得实情，阅之稍为爽视。此等偷换隐匿，朕早已鉴及”。
案情至此水落石出，乾隆帝下旨由福长安押解陈辉祖、国栋及经手各犯，迅速来京。十二月初二日，经大学士九卿会议，乾隆帝下谕了结了此案，他说：;陈辉祖以陈大受之子，受朕恩厚，用为总督，不思洁己率众，勉图报效，其于地方应办诸务，不能实心实力，随事整饬，于查抄入官之物，又复侵吞抽换，行同鼠窃，其昧良丧耻，固属罪无可恕”。
不过，乾隆帝又认为陈辉祖和王亶望不是一个类型的人，说陈辉祖;只一盗臣耳”。著将陈辉祖从宽改为斩监侯，秋后处决。国栋、知府王士翰等斩监侯。
四十八年二月初三日，因查明陈辉祖贻误地方，武备废弛，仓谷亏空，乾隆帝下谕，令其自尽，;以为封疆大臣废弛地方者戒”。
