宪宗对万贵妃感情特殊，既爱她又怕她，但古人讲究不孝有三，无后为大。宪宗作为堂堂一国之君，为子嗣之事忧心忡忡。
成化五年（1469年），宪宗朱见深路过内库，巧遇担任内藏典守的纪小娟。朱见深见小娟聪慧伶俐，而且长得美貌，就留宿了一晚。事后，纪氏竟然怀孕了。万贵妃有所耳闻，怕纪氏因生子夺宠，便派了一个宫女前去令纪氏堕胎。该宫女不忍下手，又有太监怀恩略施小计骗过万贵妃，纪小娟才得以保住腹中胎儿。
明孝宗 朱佑樘像
为安全起见，怀恩将纪小娟藏在安乐堂废后吴氏处，后来纪小娟生下一子。这个小孩就是朱祐樘。万贵妃听说纪氏产子，命太监张敏去淹死这个小孩，张敏却暗中通风报信。纪小娟和吴氏把朱祐樘藏在地窖之中抚养，躲过了万贵妃的多次搜捕。
成化十一年（1475年）的一天，太监张敏给朱见深梳头时，朱见深发出感慨：;朕已经快老了，却还没有子嗣啊！”张敏听到后，连忙俯身叩拜：;奴才该死，皇帝是有皇子的，而且已经六岁了。”朱见深很奇怪，追问下去，张敏才说出事情经过。
朱见深悲喜交加，连忙派人去迎接皇子。次日，封立朱祐樘为太子，并封纪氏为淑妃。但不久纪氏便离奇死去，张敏也吞金而亡。皇太后周氏便将朱祐樘接到自己居住的仁寿宫内，以免万贵妃加害。
朱祐樘虽然生长于地窖之中，但母亲纪小娟却将他教得很好。纪小娟的父亲原是广西贺县土官，教过纪小娟诗书。因而纪小娟能识文断字，一手蝇头小楷写得极其娟秀。受母亲的教导，朱祐樘懂礼貌，有教养，还识字，是一个聪慧的孩子。
有一天，万贵妃喊朱祐樘去吃饭，周太后嘱咐他去后千万别吃东西。万贵妃本想拉拢朱祐樘，准备了各种好吃的食物。万贵妃先是端出美味的包子，朱祐樘咽了咽口水说：;吃饱了。”万贵妃接着端出美味的杏仁酪，朱祐樘还是坚持不喝。
万贵妃问：;为什么？”年幼的朱祐樘脱口而出：;怕有毒。”万贵妃大怒道：;这小孩现在就这样，长大还不吃了我。”一气之下竟然生病了。从此之后，万贵妃对朱祐樘怀恨在心，一直劝说朱见深废了太子。
成化二十一年（1485年），朱见深被万贵妃逼急了，真的想废了太子。恰好这时泰山连续发生地震，钦天监适时上奏：;太子乃国之根本，如今泰山地震，正是上天传下旨意，太子不可轻易更换，否则国家必有动荡。”古代人迷信，朱见深也认为这是自己想废太子，老天爷在预警，吓得不敢提此事。
原来，明太祖朱元璋曾经在洪武三年（1370年）封泰山为东岳，象征太子东宫。如若太子有事，泰山便会崩塌。朱见深自然不敢冒天下之大不韪，赶紧下旨：;凡是以后敢说太子坏话的人，立斩无赦！”
成化二十三年（1487年），朱见深病死，朱祐樘登基，改年号;弘治”。朱祐樘登基后，立即逮捕靠方术蛊惑朱见深的方士李孜省以及和他狼狈为奸的太监梁芳，又拘捕了外戚万喜等人，朝风为之一振。
接着朱祐樘改革吏制，罢免了以万安为首的;纸糊三国老”，将通过行贿、溜须拍马而升官的官员全部撤换，启用了王恕、怀恩、马文化这些在成化期间被贬的忠义之士，又重用徐溥、刘健、谢迁、李东阳这样的贤臣。
同时他注重民生，轻徭薄赋，兴修水利，发展农业，有效地治理了黄河水患，并派工部侍郎徐贯历时三年，疏通了苏松河的淤塞，使那里再度成为鱼米之乡。
朱祐樘勤于政事，不但每日早朝必到，而且还重开了午朝，并开辟了文华殿议事，增加与大臣商议国事的机会，及时地处理国家大事。
他又重开经筵侍讲，让大臣轮流讲述儒家经典或者治国之道，君臣可以相互明义，辩论政事，从中领悟治国的道理。通过朱祐樘的不懈努力，弘治年间明朝吏治清明，国泰民安，人口稳定增长，社会财富不断增加，史称;弘治中兴”。
然而，因为不断地操劳国事，加上幼年的悲惨遭遇，朱祐樘的身体一直不好。弘治后期，朱祐樘和大部分皇帝一样，相信修道能治愈自己的身体，长命百岁，于是他召集了各地方士进京炼丹。
明孝宗与张皇后像
弘治十八年（1505年），朱祐樘偶感风寒，不慎误服药物，导致鼻血长流不止，在给大臣们交代了托孤之事后，病逝于乾清宫。
