神农世系与太昊世系和仰韶文化母系族群的融合，还体现在：父系社会特点在黄河中游各遗址中明显增多，如男性厚葬和大型陶祖的出现（男根崇拜）；仰韶文化特有的彩陶纹空前扩大，除了黄河中下游的太昊世系受其影响外，神农世系的汉水中游乃至长江以南也受到波及；稻作生产进入黄河中游；玉璜、玉钺、玉刀等南方史前文化的典型玉礼器，被黄河中游的居民所接受，并带动了玉文化的勃兴。在此基础上，黄河中游的生产得到了很大的发展，人口迅速增长，出现了多处面积大于一百万平方米的城址，面积在三十万平方米的城址已变得司空见惯。仰韶文化的发展进入了一个新的阶段。在距今六千年到五千五百年的时间里，如此之规模的文化兴盛局面，在世界上是绝无仅有的。它足以证实当时的中国，已经在城头山古国文明之后，全面开启了文明进程。
史前中国在距今五千五百年前发生的重大变化，以豫、陕、晋交界地区的仰韶文化庙底沟类型的崛起和扩散为标志。
庙底沟类型一直持续到距今四千九百年。当时的先民虽然仍居住在半地穴的房址中，但建筑水平有了充分的提高，表现在二、三百平方米大型房址的频繁出现。这些大型房址，已具备宫殿的形制，有内外立柱、筑墙、大型门道、葺顶、室内修整、墙面和地面装饰等细致和复杂的建筑工艺。其中，在距今五千五百年至四千九百年间的大地湾遗址中，发现了一处建筑面积达四百二十平方米的大型宫殿房址，被编号为F901。它通高六至七米，地面用料礓混合物夯筑而成，强度相当于现在的100号矾土水泥。在F901内，还发掘出成组的定量递增陶容器，是中国史前文明具有二进制和十进制数理知识的实物例证。
庙底沟类型所使用的陶器形制和纹彩，遍及黄河上下和大江南北。其形制上主要有灶、釜（锅的形状）、甑、罐、瓮、钵和小口尖底瓶等；纹彩黑多红少，全部为器壁外施彩，纹饰以花瓣纹、钩叶纹、漩涡纹等为主，也有动物纹。这些陶器纹彩上的传播，不能仅仅看做是一种表象，而应包含对这些纹彩所蕴涵的象征意义的认同。在庙底沟类型陶器扩散的同时，长江流域的玉璜、玉钺、玉刀等典型玉礼器也深入黄河中游，并整合了汉水上游的玉斧、玉铲、玉锛、玉凿和玉镞等玉礼器，使神农世系治下的玉礼文化丰富而多彩。其中的玉璜，吸收了大溪文化玉璜由弧形演变成桥形、再由桥形发展为半璧形的特征。玉环和玉镯等装饰类玉器也重现于世，同时，社会普通民众佩带石环、陶环、陶镯的也很多。在黄河中游的城址中，发现了石璧、石琮这两种大型石礼器，它们应该是后世大型玉璧和玉琮的前身。这也说明，当真玉矿石资源发现不足时，石礼器是可以作为玉礼器的先驱的。庙底沟类型的陶器器壁上，还有许多石璧和悬璧的图案，表现的也是璧礼文化。
神农世系向东发展的一支，走出洞庭湖水系不远，就与南下的太昊世系一支发生了融合。前文曾说到，湖北黄梅县焦墩遗址，出土了一条长约七米的鹅卵石堆塑龙，距今有六千年的时间。这条龙被那时的先民精心堆塑在一片红烧土台面上，除了它的背部有立鳍外，已经比较接近后世成熟的龙形象了。在这条龙的周围，还有鹅卵石堆塑的鱼、龟、蛇等水生动物形象，构成以龙为中心的图腾崇拜。从整体上看，焦墩遗址堆塑龙有后岗类型（太昊世系文化）乃至赵宝沟文化的影子，为北方龙图腾崇拜南下的产物。而从焦墩遗址出土的玉、陶、石器特征上来看，又呈现出大溪文化的面貌，所以，焦墩遗址反映的是神农世系与太昊世系在长江中游的交流与融合。
距今五千八百年前，当神农世系东进到巢湖与长江之间的地区时，再次与从北方南下的一支文化发生高度融合，诞生了凌家滩文明。
凌家滩文明所在的核心遗址，位于安徽省含山县境内。整个遗址从高空俯瞰，如一仰卧憩息人形，头枕海拔四百八十余米的太湖山南坡，足踏裕溪河边，头北脚南。在周边都是河网平原的地理环境下，显得突出而凝重。凌家滩遗址的方位布局，很符合中国传统上靠山、环水、明堂的风水文化，为我国最早的风水学实证。经勘测，凌家滩遗址总面积约一百六十万平方米，现已进行了五次发掘，揭示出的面积仅占总面积的八百分之一。可就是这区区约两千平方米，在初步勾勒出凌家滩遗址概貌的同时，还出土了大量令人惊叹的文明遗存。
凌家滩遗址从海拔二十多米到六、七米，由高及低共分为三大区域：祭祀、墓葬区、红陶土块铺就的宫殿和操演区、普通居民的居住和庭院区，规划严整。在一座大型墓穴上，压着一头重达八十八公斤的浅圆雕玉野猪，墓穴内的各种玉器达两百件，其中仅玉斧和玉钺就有几十柄。墓主应为当时的王者。红陶土块的烧成温度在八百到一千摄氏度，是我国最早的砖。
遗址中的很多玉器，在我国考古史上都有非凡的意义。有六个圆雕玉人，高五公分上下，面部特征与今人大同小异。其中三个为站姿、三个为坐姿。玉人的双臂都弯曲于胸前，前臂佩戴多层环饰，肘部朝下，手心向内，五指张开，神态安祥，双目似睁还闭，应为祈祷之意。这样的形态特征，还与远在数千里外的红山文化的玉人相一致，只不过那里出土的玉人数量，只有两个。另一类和凌家滩玉人形态特征相一致的，还有台湾一些原住民的木雕巫器。可见这是一种古老的巫术手势。该玉人头戴平顶圆帽，中有小尖；双耳穿孔；八字胡，应有剃须工具；布衣束腰，腰带起花；腿部穿裤，服装层次非当时常人可比。这六个玉人背部，都有一个对钻的小孔，应为方便悬挂之用，但小孔的直径才0.15毫米，其钻孔技术尚无法破解。凌家滩玉龙，呈衔尾状，环形，扁圆体，有角、有须、脖子和背部有鬃，作为一种玉器，其整体形象在中国各史前文化中最接近后世成熟的龙形象。遗址中的玉璜量很大，种类很多，有双龙首玉璜；龙凤双首组璜，应为婚姻信物；有双虎首组璜，应为军符；有一件展翅玉鹰，双翅为两只熊的头颈部，鹰腹刻划一圆圈，内有八角太阳纹；还出土了玉龟的上下两片玉甲，内有玉版，版上以四方八位图为中心，向外刻划有八个圭状纹形，外有一椭圆环绕，再外面有四个圭状纹形，玉版边沿左右各穿有五个孔，上下分别穿有九个和两个孔，并附带出土了玉签数根。经我国专家考证，该玉龟版正是先秦史料中就有的“元龟衔符”的例证，与奥妙无穷的“河图”、“洛书”中的数字相印证，与太极八卦相通。代表兵权的玉礼器，还有玉戈。另有玉勺，边缘厚度堪比纸薄。其他玉器，如环、玦、璧、双联璧、管、珠等各种形状的，也出土不少。凌家滩遗址数量庞大的各类玉器，证明以此地为中心的统治区域，存在着当时中国范围内数量最多、水平最高的专门制玉手工业者。这些玉器反映出的玉文化，是大溪文化和红山文化的融合体；其代表王权和军权的玉礼器，又传诸后世。蜚声世界的良渚玉器，除了微雕式线刻技术外，其他制玉技术都可以溯源到凌家滩文明。
凌家滩遗址中，还发现了我国考古史上最早的蓝釉瓷罐，以及红陶块围成的水井（最早的水井出现在裴李岗文化区内），遗址中的一件石钻，呈短萝卜状，顶部带有螺旋纹钻头，符合机械学、力学和几何学原理，其形制沿用至今。
凌家滩遗址所在的区域，曾把方圆五十里的村庄吸收进来，形成一个大型城址。遗址中发掘出大量用于冶炼金属的陶坩锅，只是还未发现金属制品。我国考古学者普遍对下一步在凌家滩遗址发现金属制品和古文字，充满信心。仅就现有的发掘成果来看，凌家滩遗址绝对是当时中国的一处规模较大、文明元素丰富、社会财富集中的都市。她的最辉煌年代，在距今五千六百年到五千三百年间。当时的王者在这里筑城而居，大有号令天下之势。按照我国传说中的先祖顺序，最有可能定都于此的王者，是神农世系下的炎帝。
《史记》引用管仲的话时，曾称炎帝是伏羲和神农之后的第三个封禅泰山的王者；现今山西和陕西境内，都有许多祭祀炎帝的陵庙和炎帝遗迹的传说。可见，炎帝“王天下”的统治范围，涵盖了黄河中游和下游。从炎帝在我国南方和西南地区的多个少数民族中被奉为先祖来看，炎帝必然继承了神农世系在长江中游和下游的广大统治区域。因此，炎帝对史前中国的整合，达到了一个新的高度。距今五千五百年前后，是大汶口文化（距今六千四百年到四千六百年）的中期，长江下游的崧泽文化则进入了晚期。这两处史前文化区，应该至少是炎帝的附庸。从玉文化上来看，大汶口文化自中期时，才受到红山文化和南方玉文化的影响，出现了玉制工具和饰品，玉礼器出现在晚期；而崧泽文化的玉器，与凌家滩文明大同小异。
西安市郊区的杨官寨遗址，是仰韶文化中期（距今六千年到五千三百年间）的一处大型城址，面积在百万平方米以上。我国现代人类学者对当地发掘出的人骨，进行了基因检测，发现O3系下的F46亚型（太昊世系）和该亚型的上游支系F444的上游分支M117，均高频出现。但是神农——炎帝世系的父系基因单倍型O3a4-F11，却存在不明显。可陕西境内着实流传着许多炎帝遗迹的传说，再结合凌家滩文明的多图腾融合型崇拜，我们可以发现，炎帝世系时，继续了神农世系文化融合背景下的威权统治。当时应该存在多个在炎帝之下的部族首领。我国先秦史料常称炎帝“以火德王”、“以火纪，故为火师而火名”，说明炎帝世系建立的统治，以火为法度统领。
综合以上来看，炎帝世系之“王天下”，是一种兼具文化融合与制度管理的威权统治。
自距今六千年前大溪文化神农世系建立初步的文明形式后，史前中国又先后出现了太昊世系“以龙纪”文明和炎帝世系“以火纪”文明。
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