1900年8月，八国联军攻占北京，慈禧出逃后命奕劻留京会同李鸿章与各国议和。
1901年，李鸿章、奕劻代表清廷签署《辛丑条约》，总理各国事务衙门改为外务部，奕劻总理部务。
奕劻逐步成为清廷实质上的二号人物，正是从这个时期开始的，袁世凯用银钱牢笼奕劻也是从这个时期开始的。
袁世凯任直隶总督之初，紧贴的朝中权贵是慈禧心腹、首席军机大臣荣禄，那时他和奕劻的关系一般，但随着荣禄病重，奕劻将入军机处的呼声渐高，袁世凯随即开始向奕劻靠拢。
袁世凯初次贿赂奕劻，是晚清官场的一桩著名事件，袁世凯出手之阔绰，姿态之讨巧，一时间竟成了官场”美谈“。
得知奕劻即将进入军机处，袁世凯立派心腹杨士琦送上了十万两银票。
奕劻初看票额，当场便被袁世凯的大手笔俘获了，嘴里一个劲地说：”慰亭太费事了，我怎么好意思收。“
杨士琦代表袁世凯把话说得相当漂亮：”袁宫保知道王爷不久必入军机处，在军机处办事，上下免不了有所开销。这张银票，只是给王爷到任零用的，以后还得特别报效。“
听到这话，奕劻不再客气，从此钻进了袁世凯的银钱牢笼。
为了彻底将奕劻变成傀儡，袁世凯在很长一段时间，没少给奕劻喂银子，尤其奕劻当上首席军机大臣后，更是越发殷勤攀附，投其所好，”月有月规，节有节规，年有年规“。
这是规矩银子，遇到奕劻和福晋过寿，唱戏请客及一切费用，甚至其子成婚，格格出嫁，孙子满月、周岁，所需开支，袁世凯预先都有布置，不费王府一钱。
据说，这阶段袁世凯每年报效奕劻的银子多达四十万两。
袁世凯通过奕劻收割清廷的权势，大概是从1903年开始的。
1903年，袁世凯建议在兵部之外设立练兵处，他极力推荐奕劻总理其事，想求得奕劻的卵翼。之后清廷果然任命奕劻为总理练兵事务大臣，而袁世凯则顺势成了会办大臣。
由此，袁世凯通过奕劻逐步掌握了北洋军权，而奕劻也完全成了他的傀儡。
取得北洋军权后，袁世凯随即开始谋求东三省实权，通过贿赂奕劻以及奕劻崽子载振，1907年4月20日，借清廷改革东三省官制，袁系人马徐世昌拿下了东三省总督、唐绍仪拿下了奉天巡抚、朱家宝拿下了吉林巡抚、段芝贵以布政使衔拿下了黑龙江巡抚。
袁系势力如此内外染指，一时间，举朝哗然。
正是在这种背景下，以岑春暄、瞿鸿禨为首的反袁派开始对袁世凯、奕劻集团发起攻击。
起初反袁派想利用载振与天津戏子杨翠喜的丑闻，一举扳倒奕劻以及袁世凯。怎奈袁世凯擦屁股的手段一流，最终硬是没让反袁派抓到实在把柄。
由此逃过一劫后，袁世凯和奕劻开始向岑春暄、瞿鸿禨展开反攻倒算。
抓住瞿鸿禨口风不严、泄露慈禧谈话内容一事，袁世凯、奕劻大造舆论，大煽阴风，最终瞿鸿禨遭罢黜。
对付岑春暄，袁世凯的手段更与时俱进，没有底线，他居然创造性地为岑春暄PS了一张和康有为、梁启超的合影，慈禧看到这样的照片会作何感想，岑春暄随即遭到驱逐。
并肩搞垮反对派后，袁世凯、奕劻的相互勾结几乎到了牢不可破的程度。1908年9月15日，袁世凯过五十大寿，奕劻为其祝寿，落款不称王而书名，载振更干脆，直接自称”如弟“，由此可见他们狼狈为奸的亲密程度。
同年11月，随着光绪和慈禧相继去世，摄政王载沣想杀袁世凯，关键时刻，奕劻站了出来，他威胁载沣说：”杀袁世凯不难，不过北洋军造起反来怎么办？“
无奈，载沣只好以袁世凯患足疾为由，将之开缺回籍养病。
袁世凯在河南韬光养晦期间，奕劻仍与他保持密切联系，从某种程度上讲，此时的奕劻既是袁世凯留在朝中的眼线，也是留在朝中的援手。
武昌起义爆发后，在是否复用袁世凯这个问题上，奕劻再次力挺袁世凯，并在随后催促清廷答应了袁世凯提出的出山条件。
清廷的权柄从此被袁世凯窃取，奕劻可以说是功不可没。
而在随后逼迫清帝退位上，奕劻更是对得起袁世凯，这位只爱银子，不管祖宗江山的巨贪王爷居然当众帮袁世凯扯谎，恐吓朝堂上的孤儿寡母。
外有乱世奸雄，内藏不孝子孙，本就朽烂了的清廷岂有不亡的道理。
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