好在朱祐樘被母亲很好的保护了起来，并在6岁时成功与朱见深相认，天上跳下一个活蹦乱跳的皇子，长到六岁了，活得好好的，也不是万贵妃能够轻易陷害的了的。大臣们高兴极了。
朱见深和群臣给皇子取名朱祐樘，册立为皇太子。纪氏也从安乐堂移居永寿宫，数次被朱见深召见。
万贵妃知道后，咬牙切齿，痛哭流涕，日夜琢磨着怎么报复纪氏母子。她不是乱砸东西，就是抱怨小人陷害自己。朱祐樘已经是皇太子了，目标太大，一时难以陷害。万贵妃只好先从纪氏入手。几个月后，太子生母纪氏暴卒。
纪氏死得很奇怪，人们都怀疑是万贵妃下的毒手。因为万贵妃权势熏天，又得到皇帝朱见深的偏袒，人们敢怒不敢言。后来朱祐樘当了皇帝后，大家才敢把纪氏的暴亡拿出来说事。朱祐樘登基不久，御史曹璘就奏请削去万贵妃的谥号(万贵妃当时已经死了); 鱼台县丞徐顼则奏请逮捕当时给纪氏看病的所有御医，逮捕万氏的家属，刑讯追究纪氏死亡的详情。一时间，大臣们大有神形颠倒，非查清真相不可的劲头。朱祐樘是个厚道人，不愿意因为母亲的死引起朝政动荡，人心不宁。于是他以"重违先帝意"的名义，宣布案子在先帝时就已经了结了，现在不需要再追究了。
纪氏死后没几天，太监张敏也吞金自杀了。这又坐实了人们对纪氏死因的怀疑。张敏多少知道纪氏暴亡的真相，不禁为自己的命运担忧。他很可能是因为怕遭到万贵妃一党的虐待而自杀的，或者干脆就是被万贵妃一党逼死的。
好心的人们为朱祐樘的命运担心了。照此下去，恐怕小太子朱祐樘也难逃万贵妃的魔掌。周太后适时插手进来，将朱祐樘接到自己住的仁寿宫居住。周太后主动承担起了抚养小孙子的重任。周太后德高望重，对小孙子看得很紧，万贵妃一党难以找到下毒手的机会。朱祐樘能否健康成长，俨然成了朝野上下观察政治清明的指向标。万贵妃更加投鼠忌器了。
万贵妃心里很着急，急得整天在想怎么陷害太子。这反而让她放松了对后宫的控制。此后，皇宫中喜讯不断，邵宸妃、张德妃、姚安妃、杨恭妃、潘端妃和王敬妃陆续生出了皇子。朱见深的皇子越来越多，万贵妃逐渐失去了杀害朱祐樘的意义。
杀害朱祐樘不成，万贵妃动了"更立太子"的念头。
万贵妃的党羽、太监梁芳、钱能等人每次看到朱祐樘，心中就不寒血栗。他们老相目对朱祐橙母一的附害。想到纪氏的暴毙和张敏的自杀。这些事情都和他们有关。等到朱祐樘继位当了皇帝，梁芳、钱能等人还会有"好果子"吃吗? 说不定还会有性命之忧。
于是这些党羽亲信就怂恿万贵妃千万不能让朱祐樘顺利继位。万贵妃一想也对，决定说动朱见深换一个太子，从新生的皇子中挑选一位新的太子。朱见深对万贵妃言听计从，唯独这一次没有受枕边风影响。因为朱见深本来从小就深受"更立太子"之风的影响。他小时候，叔叔明代宗和部分大臣老想着废掉朱见深的太子地位，换上叔叔的亲生儿子。朱见深被幽禁在高墙内，苦不堪言。
万贵妃对更立太子的事鼓吹得越起劲，朝野上下为朱祐樘的太子地位争得越不可开交。 朱见深就越回忆起童年的惨痛经历，对朱祐樘的境遇感同身受，不愿意改换太子。上天也保佑朱祐樘。泰山地区发生大地震。在传统政治观念中，东岳泰山是皇太子的象征。泰山地震被看作是上天对朱祐樘的支持。大臣们纷纷上奏∶"上天示警，如果改立太子必将引起动乱。"朱见深本来就笃信佛教，又同情朱祐樘，现在更是明确表示太子表现出色，自己无意废弃。
朱祐樘的地位彻底稳定下来。
万贵妃一党更立太子失败后，开始积极和朱祐樘"套近乎"。大灰狼换上了一幅善良的嘴脸，在多数人眼中就变成了狼外婆。人们不会认为恶狼真的成为了善羊。也许万贵妃真的想改善与太子的关系，为日后着想。但其他人都认为她是换了一种方式去迫害朱祐樘而已。
万贵妃多次招呼朱祐樘去贵妃宫中玩耍。万贵妃的邀请非常频繁，态度很殷勤，但是周太后不放心，坚持不让孙子去见万贵妃。一天，万贵妃再次热情地邀请太子朱祐樘来玩耍。周太后实在推托不了，只好允许朱祐樘去万贵妃宫中。临行前，周太后叮嘱孙儿说∶"孙儿到万贵妃宫中，记住不要吃任何东西。"朱祐樘见到万贵妃后，果然不吃任何美食。 万贵妃给他东西，他就说;"我已经饱了。"后来万贵妃
拿出美味的汤羹给他吃。朱祐樘毕竟是小孩子，受不了美味的诱惑，很想品尝一下。但他牢记祖母的警告，只好实话实说∶"我怕汤中有毒。"万贵妃闻言，仿佛利刃在胸，感慨道∶"小小年纪就这样警惕，等长大了，我还会有好结果吗?
万贵妃从此心情大变，变得焦虑而多疑，老念叨着自己的将来。不久就忧愤成疾了。生病后，万贵妃不好好治，变得孤僻暴躁，动不动就拿身边的人撒气。她身体很胖， 又常常发怒，发怒了就要打人。
弄得气喘吁吁，糟蹋自己的身体。一次，万贵妃用拂子毒打宫人，一口痰涌上来，堵住气管，闭气而死。一代悍妇就这么死了。
明宪宗朱见深闻讯既震惊又伤心，下令辍朝七日，给万氏定谥号为"恭肃端慎荣靖皇贵妃"。他对万贵妃的感情非常深，接受不了丧妻的打击，病倒了，半年后死去。
太子朱祐樘继位，改元弘治。朱祐樘就是明孝宗。
